Prvi ugovor o granici bio je potpisan s Njemačkom 13. svibnja 1941. i označio je hrvatsko-štajersku granicu kao granicu NDH i Trećeg Reicha.
Rimskim ugovorima 18. svibnja 1941. NDH je ustupila Italiji veći dio Dalmacije te dijelove Gorskog kotara i Hrvatskog Primorja. NDH je dobila izlaz na more u kotarevima Novi, Senj, Crikvenica, te općinama Karlobag i Kraljevica (prvobitno pripojenima Italiji) te na području od Omiša do Dubrovnika. U sklopu NDH ostali su otoci Brač, Hvar, Pag, Šipan, Šćedro, Maun, Lokrum, Lopud i Koločep. Pavelićevo ustupanje Italiji područja s 400.000 stanovnika, velikom većinom Hrvata, izazvalo je ogorčenje ne samo među širim slojevima naroda, nego i među mnogim njegovim najbližim suradnicima. Nadalje, Rimskim ugovorima talijanska interesna zona u NDH podijeljena je na tri zone - prva je izravno priključena Italiji, dok su u ostale dvije Talijani vršili de facto ili de iure i civilnu i vojnu vlast, pogotovo nakon okupacije II. i III. zone 7. rujna 1941.
Granicu između NDH i Mađarske tvorila je rijeka Drava, no nije bila uređena ugovorom, jer se NDH nije htjela odreći Međimurja. Pavelić je prosvjedovao protiv okupacije, ali Treći Reich je stao na stranu Mađarske, budući da joj je obećao područja izgubljena 1918. kao nagradu za sudjelovanje u napadu na Jugoslaviju., tako da je Međimurje ostalo pod mađarskom vlašću sve do oslobođenja 1945., kada ga zauzimaju jedinice NOVJ. Kako bi pokazala svoj stav prema mađarskoj okupaciji, NDH je osnovala i Veliku župu Baranja sa sjedištem u Osijeku, iako župa nije obuhvaćala nijedan dio Baranje.
Granica prema Srbiji označena je nakon konzultacija s Njemačkom zakonom donesenim 7. lipnja 1941. crtom stare granice između Austro-Ugarske i Srbije. Istočni dio Srijema je nominalno bio dijelom NDH, ali ga je iz vlastitih sigurnosnih i strateških razloga Treći Reich držao pod svojom upravom pod nazivom Ostsyrmien.
Granica prema talijanskoj marionetskoj Kraljevini Crnoj Gori određena je 27. listopada 1941. dogovorom s Italijom. Time je Italija izravno priključila južni dio Konavala s Prevlakom i mjestom Gruda anektiranom području Boke kotorske.