ануара 1986. године изабран је за председника ЦК СК Србије, упркос отпорима, на залагање Ивана Стамболића.
Милошевић изговара речи: „Нико не сме да вас бије!“ (24. април 1987)
У пролеће 1987. године, српски и црногорски активисти на Косову и Метохији планирали су да организују марш на Београд у знак незадовољства због ситуације на Косову. Милошевић је, невољно, 24. априла 1987. послат на Косово како би смирио ситуацију. Према Стамболићу, Милошевић је био београдски бирократа не баш заинтересован за Косово и Метохију и потпуно неспреман за оно што ће га тамо сачекати. Током састанка са локалним представницима у Косову Пољу, група српских радника напољу покушавала је да уђе у зграду и представи своје проблеме београдском изасланику. У покушају да приђу ближе, сукобили су се са већински албанском полицијом која је почела да их туче. Милошевић је покушао да са балкона зграде смири окупљене раднике, али није успео. Немајући други излаз, Милошевић је изашао напоље да поприча са радницима. Радници су пробили полицијски кордон, а Милошевић је, праћен ТВ камерама, прошао полицијску линију и ушао међу раднике. На опаску једног радника да их туку, Милошевић је одговорио: „Нико не сме да вас бије!“ Ова његова изјава је добила огроман публицитет и од Милошевића је у очима српске јавности створила хероја. Након његовог говора тог дана уследиле су нове, још агресивније притужбе косовских Срба на рачун албанског косовског руководства и косовских Албанаца уопште.
Милошевићев ментор и близак пријатељ Иван Стамболић је у септембру 1987. године постао председник Председништва СР Србије и подржао Милошевића на изборима за новог вођу партије. Милошевић је остварио тесну победу на изборима. После Милошевића, вођа партије је постао Драгиша Павловић, који Милошевићу није одговарао. Милошевић је тврдио да је Павловић био исувише благ према Албанцима на Косову.[4] 23. и 24. септембра на Осмој ванредној седници Централног Комитета СК Србије, која је трајала 30 сати и била преношена уживо на државној телевизији, Милошевић је свргнуо Павловића. Иван Стамболић је поднео оставку под притиском Милошевићевих присталица пар дана после тога.
На лето и јесен 1988. године, на таласу незадовољства изазваног албанским шовинизмом и сепаратизмом Милошевић окупља Србе и постаје харизматични национални вођа. 5. октобра 1988. године у такозваној „Јогурт-револуцији“ серија митинга искоришћена је за обрачун са војвођанским руководством које је, користећи уставни положај, пружало отпор Милошевићевој офанзиви. Дезоријентисани војвођански функционери су покушавали да спрече кризу састанком са Милошевићем. 19. новембра 1988. године на митингу на Ушћу, Милошевић исказује приврженост Косову и Метохији, Југославији и, у мањој мери, комунизму. Према извештају ТВ Београд било је око милион људи, по осталим медијима неколико стотина хиљада.
