Генетичка генеалогија

stanje
Zatvorena za pisanje odgovora.
Једнонуклеотидни полиморфизам (SNP, изговара се Снип) је ДНК варијација која настаје када се један нуклеотид - А, Т, Ц или Г - у геному (или некиој другој заједничкој секвенци) разликује између припадника врсте или упарених хромозома у појединца. На пример, два фрагмента од различитих појединаца, ААГЦЦТА и ААГЦТТА, садрже разлике у једном нуклеотиду. У овом случају кажемо да постоје два алела: Ц и Т. Скоро сви уобичајени СНП имају само два алела.

416px-Dna-SNP.svg.png
 
Poslednja izmena:
Иако није јасно зашто, али природа више пута дуплира исте информације записане у локусу (локација) Y хромозома. Понављање варира од 5 до 40 пута. Сваких неколико генерација, на сваком локусу деси се мутација , Број понављања може да се смањује или расте.

У следећем примеру локуса девет пута се поновио запис ТСТА. У научној литератури, такви понављајући записи се зову кратки низови понављања, или STR (Short Tandem Repeat).
repeats.gif


Анализа Y хромозома открива тачан број понављања у локусу. Локус са познатим бројем понављања се зове маркер. ДНК потпис особе је низ бројева - маркера. У доњој табели се приказује име локуса на дну - број понављања у локусима. На пример, DYS393 са вредношћу 13, је маркер.



Mаркери DYS 393 DYS 390 DYS 19 DYS 391 DYS 385a DYS 385b DYS 426 DYS 388 DYS 439 DYS 389i DYS 392 DYS 389ii
ДНК потпис 13 25 16 10 11 14 12 12 10 13 11 30

У ДНК потпису је одеређен специфичан редослед маркера, тако да запис
13 25 16 10 11 14 12 12 10 13 11 30 има јасно значење, сви знају да је прва цифра 13 је маркер локуса DYS 393, а друга - локусa DYS 390.
 
Poslednja izmena:
Познавање брзине мутација дозвољава прорачунати време живота првог
заједничког претка (TMRCA) за свака два мушкараца. У кратких 12 маркерних потписа једна разлика између две ДНК потписа значи удаљење живота заједничког претка за 40 генерација, односно 1000 - 1200 година.

2saf03d.jpg



У овоме примеру два фиктивна "брата" имају само једну различиту мутацију али то већ значи да су они потомци деце човека који је живео пре 40 генерација.
 
Poslednja izmena:
A sada jos malo biologije, sta je u stvari hromozom i gde se nalazi?

cell.jpg


Свака особа има 23 пара хромозома који садрже све генетске информације наслеђене од родитеља. Хромозоми су формирани у тренутку зачећа преко кросинговера (укрштања), узимајући половину мајчиних хромозома и половину од оца. Шта од којег родитеља се добија у наследство је ствар лутрије.

У овој лутрији није укључен само један од хромозома: мушки хромозом - Y он се у целости преноси са оца на сина као штафета. Треба напоменути да код жена тог хромозома уопште нема.

y.gif
 
Poslednja izmena:
Vlada Krauzer:
Znaci na ovu foru radi ... :) Samo ne kapiram ovo ne brat dole sta predstavlja ? ( u tabeli mislim )
Kliknite za proširenje...

To je vrlo jednostavno za objasniti.
Recimo da sam ja "brat 1" (ili rodjak 1)
a ti si "brat 2" (ili rodjak 2)
a ovaj treci dole (ne brat) je neki bogumilo-ilir koji nema aman ha nikakve veze sa Srbima.:D

Kod mene i tebe je jedina razlika u jednom markeru i to u DYS19. U mene je 16 a u tebe 15 (pogledaj sta su markeri u tekstu o tome). Znaci, razlika u 12-markernom DNK kodu kod mene i tebe je u jednoj mutaciji i nas zajednicki praroditelj je ziveo otprilike pre 40 generacija iliti 1000 i kusur godina.

E sad, ovaj nas "ne brat" je samo na prvom markeru od nas dalek 3 mutacije, sto izadje 120 generacija, na drugom 2 mutcije, znaci jos 80 generacija itd itd....

To je najuproscenije objasnjenje a naravno postoji jos mnogo finesa.
 
Poslednja izmena:
Ali nije sve tako jednostavno. Postoje markeri koji brže mutiraju od drugih , pa se i to mora uračunati u određivanje zajedničkog pretka. Nije ni čudo što se time bave fizičari i matematičari, poput Nordtvedta, jer se ulazi u polje zakona vjerovatnoće. Postoje na netu i kalkulatori zajedničkog pretka, na osnovu STR rezultata, sa uračunatim stepenom mutacije za svaki marker. Moram priznati da me ta strana genetike najmanje interesuje, ali je sastavni i veoma važan dio priče.
 
Ja sam i naveo da je to osnovni princip a da postoji jos mnogo finesa. Ja sam u toku te price i to je zasigurno najveci problem sa kojim se srece ova nauka. Postoji vise metodologija za izracunavanje brzine mutacija i ni jedna nije potpuno tacna. Stvar je u tome da se nekada mutacije mogu desiti brzo jedna za drugom a nekada nakon dugog vremenskog perioda. Sve u svemu tu se ide na matematicko usrednjavanje i proces se naziva KALIBRACIJA. Postavicu uskoro jedan tekst na tu temu. Neverovatno je ali vise vodecih strucnjaka u genetici dobija vise nego drasticno razlicite podatke o TMRCA pa se srecu razlike u starosti haplogrupa koje su za redove velicina razlicite jadna od druge.

Medjutim, kako vreme bude prolazilo i kako se bude sakupljalo sve vise podataka, proces kalibracije ce se dovesti do vrlo prihvatljivih granica u okviru tolerantne matematicke greske.
 
Kor:
Ja sam i naveo da je to osnovni princip a da postoji jos mnogo finesa. Ja sam u toku te price i to je zasigurno najveci problem sa kojim se srece ova nauka. Postoji vise metodologija za izracunavanje brzine mutacija i ni jedna nije potpuno tacna. Stvar je u tome da se nekada mutacije mogu desiti brzo jedna za drugom a nekada nakon dugog vremenskog perioda. Sve u svemu tu se ide na matematicko usrednjavanje i proces se naziva KALIBRACIJA. Postavicu uskoro jedan tekst na tu temu. Neverovatno je ali vise vodecih strucnjaka u genetici dobija vise nego drasticno razlicite podatke o TMRCA pa se srecu razlike u starosti haplogrupa koje su za redove velicina razlicite jadna od druge.

Medjutim, kako vreme bude prolazilo i kako se bude sakupljalo sve vise podataka, proces kalibracije ce se dovesti do vrlo prihvatljivih granica u okviru tolerantne matematicke greske.
Kliknite za proširenje...

Узми само пример да се мутација на ипсилон гену догоди човеку који касније има женско потомство, или уопште нема потомство, па онда, неком који пренесе гене само једном мушком потомку који касније нема потомство, итд. Дакле, мутације се дешавају и чешће него што се то евидентира, али многе од њих не могу да се реализују касније. Потребно је много услова, нарочито миран животни период неколико генерација, без болести, ратова, да би се мутација "запатила".
 
Lesandar:
Узми само пример да се мутација на ипсилон гену догоди човеку који касније има женско потомство, или уопште нема потомство, па онда, неком који пренесе гене само једном мушком потомку који касније нема потомство, итд. Дакле, мутације се дешавају и чешће него што се то евидентира, али многе од њих не могу да се реализују касније. Потребно је много услова, нарочито миран животни период неколико генерација, без болести, ратова, да би се мутација "запатила".
Kliknite za proširenje...

Tu si naravno u pravu, medjutim... racuna se samo ono sto imamo kao trenutno cinjenicno stanje. Sve to zavisi od mnogo-mnogo faktora i apsolutno je nemoguce napraviti tacnu racunicu. Medjutim, ako vec ne mozemo da izracunamo pojavu mutacija u 1 dan, mozemo da to svedemo na neki prihvatljiviji vremenski okvir. Na tome se dosta radi ali ce do pune kalibracije proci jos neko vreme.
 
Kor:
Tu si naravno u pravu, medjutim... racuna se samo ono sto imamo kao trenutno cinjenicno stanje. Sve to zavisi od mnogo-mnogo faktora i apsolutno je nemoguce napraviti tacnu racunicu. Medjutim, ako vec ne mozemo da izracunamo pojavu mutacija u 1 dan, mozemo da to svedemo na neki prihvatljiviji vremenski okvir. Na tome se dosta radi ali ce do pune kalibracije proci jos neko vreme.
Kliknite za proširenje...
Да, остаје нам чињеница да је преко 95% људи на Балкану који имају хаплогрупу И2а2, потомци једног човека који је ту живео пре око 2550 година +-, што, уопште није мала ствар, већ добра полазна основа из разлога што не може да се физички повеже са досељавањем из правца истока:
( К Нортвед - резултат из априла 2010)

One other characteristic of the purely Russian I2a2a-Dinaric was that its
variance age was younger than I2a2a-Dinaric as a whole in eastern Europe.

I get 1830 years ago as the tmrca for the Russian collection of 51
haplotypes of DYS448 = 20. This was collected from about 14 different
regions of core Russia.

This young age is based on fewer STRs than I have in my normal collection,
so that should be kept in mind.
 
Lesandar:
Да, остаје нам чињеница да је преко 95% људи на Балкану који имају хаплогрупу И2а2, потомци једног човека који је ту живео пре око 2550 година +-, што, уопште није мала ствар, већ добра полазна основа из разлога што не може да се физички повеже са досељавањем из правца истока:
( К Нортвед - резултат из априла 2010)

One other characteristic of the purely Russian I2a2a-Dinaric was that its
variance age was younger than I2a2a-Dinaric as a whole in eastern Europe.

I get 1830 years ago as the tmrca for the Russian collection of 51
haplotypes of DYS448 = 20. This was collected from about 14 different
regions of core Russia.

This young age is based on fewer STRs than I have in my normal collection,
so that should be kept in mind.
Kliknite za proširenje...

Ja sam sa Kljosovim razgovarao na tu temu. On nece tacno da se izrazi po pitanju Nortvedtovih proracuna ali ga ocigledno uvazava. Naime, on tvrdi (iako nije istrazivao koliko i R1a1) da bi ta starost mogla da bude i nesto veca:

Что касается гаплогруппы I, то она подробно рассмотрена в моей статье в Вестнике 2010, январь, том 3, №1, стр. 96 - 158. Там есть данные по разным регионам Европы. В Восточной Европе есть старая ветвь (возрастом примерно 6200 лет назад) и молодая ветвь (2650 лет назад). В центральной Европе 3425 лет назад. Там много данных, с графиками и расчетами.

Nikako ne mogu da nadjem vremena da procitam taj tekst. Kada to uradim, prenecu informacije ovde.
 
Ne bi bilo zgoreg ovde napomenuti da postoje dva osnovna tipa analize Y hromozoma. SNP i STR analiza. Oba ova termina sam objasnio pre nekoliko postova. SNP analiza je naziv za analizu koja sluzi za odredjivanje haplogrupe. To je 12-markerna analiza, dok se pomocu STR analize iliti na 67-markera mogu odredjivati rodjacke veze. Ovaj prvi kosta oko 50 evrica dok drugi kosta od 200 do 300. Rezultati rvog su dostupni za 5-6 dana dok kod drugog to traje vise, do 5-6 nedelja. Postoji jos i analiza na 17 markera koja je vrlo slicna onoj sa 12. Vise je orijentisana na naucna istrazivanja jer daje tacnije podatke o haplogrupi ali je potpuno beskorisna u odredjivanju rodstvenih veza, Da budemo jasni........ postoje i analize na vise od 67 markera ali se one retko izvode i vrlo su skupe.
 
Poslednja izmena:
По стању из 2009, структура стабла I2a је одређена са два SNP-а. 1) Основни улазни Снип - то је општи снип P37+, и све I2а имају позитиван резултат теста P37.2 мутације. 2) М423 - SNP је древна мутација која раздваја Сардинијску грану I2а (која нема ову мутацију) од других I2а. 3) У вези са горе написаним, поставља се питање како утврдити пипадност у једном или другом скупу по значењу STR-маркера. Посебно је актуелно то питање за динарску грану I2а, због малог генетичког диверзитета хаплотипова у овој групи. Кен Нордтведт предлаже да се утврди припадност путем броја мутација у DYS388 и DYS385а маркерима. Западна грана I2а има стабилну вредност 15 у DYS388 маркера. Острвске грана I2а има класичну вредност од 13 у маркеру DYS388 и 11-12 у маркеру DYS385а.Динарскаиа грана обично има у DYS385а вредности од 14 и 15, као и вредност већу од 12 у маркеруDYS461. Унутар динарске гране младу јужну (јужнословенску) грану I2а карактерише DYS448 једнака 19 и ниске вредности маркера DYS449. Северна (стари), огранак има DYS448 вредност једнаку 21, и високу вредност маркера DYS449.
 
Evo da jos jednom recima potvrdimo sve sto stoji na prethodnim graficima u vezi I2a (o kojoj najcesce govorimo)

P37.2 + (defines I2a)

M170+ M258+ P38+ U179+ P212 "no call" (these define I)

P215/S31+, L68/S140 "no call" (these define I2)

P37.2 "no call" (defines I2a)

M26+ (defines I2a1 Sardinian)

M161- (defines I2a1a, a group within Sardinian)

M423- (defines I2a2, including Dinaric, Isles, and Disles)

L69.2/S163.2- (defines Dinaric and Disles)

M359.2/P41.2 "no call" (defines a group within Dinaric)
 
Kor:
Ja sam sa Kljosovim razgovarao na tu temu. On nece tacno da se izrazi po pitanju Nortvedtovih proracuna ali ga ocigledno uvazava. Naime, on tvrdi (iako nije istrazivao koliko i R1a1) da bi ta starost mogla da bude i nesto veca:

Что касается гаплогруппы I, то она подробно рассмотрена в моей статье в Вестнике 2010, январь, том 3, №1, стр. 96 - 158. Там есть данные по разным регионам Европы. В Восточной Европе есть старая ветвь (возрастом примерно 6200 лет назад) и молодая ветвь (2650 лет назад). В центральной Европе 3425 лет назад. Там много данных, с графиками и расчетами.

Nikako ne mogu da nadjem vremena da procitam taj tekst. Kada to uradim, prenecu informacije ovde.
Kliknite za proširenje...
У суштини су у праву и један и други, зато што, поред данашњег Дин С и Дин Н , постојао је и Дин претходник који се од Дислес одвојио пре 6600 година, дакле ова два Дин-а су само два равноправна настављача, који су "појели претходника".
 
stanje
Zatvorena za pisanje odgovora.

Back
Top