naravno da rade sa IBD blokovima a ne kopaju grobove predaka...
to nije tema...
tema je tvoj pokušaj da objasniš nasleđivanje preko stabla....
i pokušaj da tvrdiš da u radu genetički predak ne znači predak nego svi IBD blokovi zajedničkih predaka skupljeni zajedno...što je nešto za šta nemaš potporu u tekstu koji citiraš... ....
ono što oni kažu je da uzimaju u obzir samo najbližeg genetičkog pretka za posmatrane dve individue što znači samo najveći IBD blok a ne sve IBD blokove zajedno (što bi možda bilo i logičnije za analizu kakvu bi ti i ja želeli da vidimo)...
О чему ти причаш? Наведи ми тачно место у раду (број стране и број реда) где аутори тврде да је најближи заједнички предак представљен „највећим IBD блоком“. Ако мислиш на реченицу „
In this article, we analyze those rare long chunks of genome that are shared between pairs of individuals due to inheritance from recent common ancestors, to obtain a detailed view of the geographic structure of recent relatedness“ (страна 2, лева колона, ред -23 до -20), онда си погрешно схватио. Ретки дуги комади генома, које аутори овде помињу, су управо IBD блокови, које аутори управо тако и дефинишу, као сегменте генома који су довољно дуги да се помоћу њих може вршити упоређивање јединки (јер краће сегменте дели превелик број људи), али и не превише дуги, јер сегменти дуги 1 и више Моргана бивају нарушени рекомбинацијом па се не преносе на потомство. Из тог разлога дужина IBD блокова износи неколико центи Моргана. Дужина IBD блокова битна је за одређивање временске скале у оквиру које се упоређује број заједничких предака, јер се за старије периоде користе краћи а за новије дужи блокови. На страни 2, лева колона, редови -20 до -17, аутори кажу: „
To determine the time scale of these relationships, we develop methodology that uses the lengths of shared genomic segments to infer the distribution of the ages of these recent common ancestors“.
Међутим, као што сам ти већ објашњавао, аутори две јединке упоређују према скупу заједничких IBD блокова. На страни 3, лева колона, редови 23 до 27, аутори кажу „
For this reason, when we say ‘‘genetic common ancestor’’ or ‘‘rate of genetic common ancestry,’’ we are referring to only the most recent genetic common ancestors from which the individuals in question inherited their shared segments of genome“. Као што се види, овде се говори о сегментима генома, у множини, а у конкретном случају, то су IBD блокови, у множини. За две јединке, њихов
најближи заједнички предак је онај заједнички предак од кога су наследили највише заједничких IBD блокова, односно
све заједничке IBD блокове, другим речима, пресек скупа IBD блокова детектованих код једног и скупа IBD блокова детектованих код другог. Зато је за ауторе најближи заједнички предак значајнији од осталих заједничких предака, од којих се разликује по томе што остали заједнички преци не морају да садрже све заједничке IBD блокове, садрже само део њих. Такође, најближи заједнички предак је битан и због тога што је временски најближи. Потомци најближег заједничког претка су услед рекомбинације изгубили неки од IBD блокова заједничких за обе разматране јединке, па нису преци бар једне од њих. Као што већ више пута рекох, не треба да мешаш
генеалошке заједничке претке и
генетичке заједничке претке, то није исто. Ја сам апсолутно сигуран да аутори раде са истим апстрактним формалним моделом о коме ја говорим, у коме се сваки тестирани појединац идентификује са IBD блоком који је код њега детектован, а преци тих појединаца се идентификују са подскуповима скупа IBD блокова детектованих код свих појединаца. Разлог зашто они не говоре о
скупу (заједничких) IBD блокова, већ о
броју (заједничких) IBD блокова, сам већ објаснио – разлог је чисто техничке природе, израчунавање у коме би се радило са скуповима IBD блокова било би знатно временски и просторно захтевније од израчунавања у коме се ради са бројем IBD блокова, при чему и број заједничких IBD блокова даје сасвим добру меру генетске сродности разматраних појединаца. Са друге стране, такав приступ са бројевима омогућио је и онако лепо графичко представљање резултата истраживања какво је дато у чланку. Да се генеалошки заједнички преци и генетички заједнички преци разликују јасно каже и следећа реченица аутора: „
At least one parent of each genetic common ancestor of two individuals is also a genetic common ancestor, so the number of genetic common ancestors at each point back in time is strictly increasing“ (страна 3, лева колона, редови 17 до 20). Према томе, један од родитеља заједничког претка неке јединке не мора бити њен заједнички предак.
Верујем да сам претерао и да је доста са објашњавањем. Ако и после овога ниси схватио ово о чему сам говорио, то значи да је даље објашњавање излишно и ја дижем руке од тога.
