Alojzije Stepinac je prvi put uhapšen 17. maja 1945. Bio je pritvoren u Mlinarskoj ulici, gde se svojevremeno nalazio Ustaški zatvor iz vremena rata. Saslušanje i pritvor su trajali do 3. juna 1945. kada je Stepinac pušten na slobodu. Dan kasnije, Stepinac i Tito su vodili dug telefonski razgovor, koga je Stepinac komentarisao kao: „Razgovarali smo muški.“ Tito i Stepinac se nisu ni oko čega složili. Stepinac javno kritikuje vlast jer oduzima imovinu katoličkih sveštenika i neke proteruje. Odnosi sa vlastima se još više zaoštravaju. Alojzije Stepinac je sa svojim biskupima protestovao u pasterskom pismu od 20. septembra 1945, gde iskazuje zamerke države prema crkvi. Stepinac se tada nalazi u procepu, jer s jedne strane trebao je popuštati u odnosu na državnu vlast, a s druge strane, nije želeo odvajanje katoličke crkve od Vatikana.
Odnosi Stepinca i nove vlasti se još više komplikuju jula 1946. Tada je Stepinčev stan bio pod blokadom i on je držan u nekoj vrsti kućnog pritvora.
Stepinac je mogao da se izvuče samo da je podržao novu komunističku vlast u Hrvatskoj.
Stepinac ovo nije učinio, već je nastavio kritiku vlasti.
Uhapšen je po drugi put 18. septembra 1946. Izveden je pred Vrhovni sud NR Hrvatske.
Suđenje Alojziju Stepincu i ostaloj petnaestorici, među kojima su bili i Erih Lisak i Ivan Šalić, održano je Pred Većem Vrhovnog suda NR Hrvatske od 9. septembra do 11. oktobra 1946. u dvorani fiskulturnog učilišta u današnjoj Tkačićevoj ulici u Zagrebu.
Suđenju je predsedavao dr Žarko Vimpulšek, članovi veća su bili: dr Antun Cerinec, Ivan Poldrugač i Ivan Pirker; optužnicu je zastupao Jakov Blažević, a zapisničar je bio dr Ante Petrović.
Alojzija Stepinaca je branio zagrebački advokat Zdravko Politea, koji je svojevremeno zastupao i Tita na "bombaškom procesu".
U najkraćem, Stepinac je optužen zbog saradnje s vrhom ustaške države, susreta s Pavelićem i drugim ustaškim časnicima, za prekrštavanje desetine hiljade Srba, za podstrek koji je Ustašama pružao katolički kler, za govore u kojima podstiče na molitvu za Pavelića i protivnarodnog delovanja nakon rata.
Branio se ćutanjem. Na kraju saslušanja 3. oktobra, Stepinac je prekinuo ćutanje i održao svoj veliki govor. Stepinac je prekrštavanje Srba nazivao neispravnim izrazom, jer se radi o verskom prelazu već krštenih ljudi. U završnoj reči, Stepinac je ponovio da je na sve optužbe nevin, te da će istorija oceniti njegov rad.
Presuda je donesena 11. oktobra 1946.[1] Samo su Lisak i Šalić osuđeni na smrt, a svi ostali na vremenske kazne.
Alojzije Stepinac je osuđen na kaznu zatvora s prisilnim radom u trajanju od 16 godina, gubitak političkih i građanskih prava u trajanju od 3 godine, kasnije mu je kazna preinačena na kućni pritvor u rodnom Krašiću na Žumberku.