Politički se angažuje 1989.godine u Udruženju za jugoslovensku demokratsku inicijativu, posle čega osniva Ligu socijaldemokrata, da bi tokom leta 1991.godine sa četrdesetak drugih srpskih intelektualaca osnovao Srpski demokratski forum. U to vreme je raspad SFRJ uzeo jasnog maha i rat na prostoru SR Hrvatske se nazirao ustavnim pretvaranjem Srba iz konstitutivnog naroda u nacionalnu manjinu i stvaranjem RSK. Sam Pupovac je referendum o samostalnosti RSK koji je početkom 1991.godine raspisao Milan Babić ocenio rečima:
„Referendum je za srspki narod u Hrvatskoj opasan i posve nepredvidljiv čin suicidalnog samodržavlja.“
On je u jesen iste godine na jednoj konferenciji održanoj u Hagu javno podržao nezavisnost Hrvatske od SFRJ, da bi 1992.godine izjavom o stradanju Srba u Hrvatskoj u kojoj je naveo da je 11.000 srpske dece pokršteno dospeo u žižu javnosti u Hrvatskoj. On sam je tim povodom izjavio:
„Pomalo sam zatečen da je od svega rečenog u žiži interesa samo izjava o pokrštavanju.A spomenuli smo i likvidaciju 400 nevinih civila,razorenih 3.000 objekata,200.000 protjeranih.“
Zbog te njegove izjave je protiv njega pokrenut krivični postupak, ali nikada nije došlo do suđenja.