Dana 11. februara 1940. godine za episkopa je od strane srpskog Patrijarha Gavrila, u beogradskoj Sabornoj crkvi hirotonisan Joanikije Lipovac, da bi 10. decembra iste godine na vanrednom zasijedanju Svetog arhijerejskog sabora bio izabran za Mitropolita Crnogorsko-primorskog. Lipovac je rođen 16. februara 1890. godine u Stolivu u Boki Kotorskoj, od oca Špira i majke Marije, rođene Damjanović. Svjetovno ime mu je bilo Jovan. Osnovnu školu je završio u Prčnju, a klasičnu gimnaziju sa maturom u Kotoru. Pravoslavni bogoslovski zavod završio je u Zadru, a Filozofski fakultet u Beogradu, gdje je položio i profesorski ispit za predmete bogoslovlja.
U čin jerođakona rukopoložen je 8. a u čin prezvitera 10. novembra 1912. godine, od episkopa bokokotorskog i dubrovačkog Vladimira Boberića. Od 1912. do 1918. godine bio je protski kapelan u Kotoru, a potom paroh u Lastvi. Od 1919. do 1925. godine bio je suplent gimnazije na Cetinju, u Nižoj ženskoj školi, Ženskoj učiteljskoj školi i Cetinjskoj bogosloviji. Od 1925. do 1940. godine bio je profesor Prve muške gimnazije u Beogradu.
Kako je bio udov protojerej, to je izabran za vikarnog episkopa budimljanskog 1939. godine, te je zamonašen u manastiru Rakovica u Beogradu, od mitropolita skopskog Josifa i proizveden u čin igumana. Mitropolitstvo Joanikija Lipovca Mitropolijom Crnogorsko-primorskom, nastupiće u jedno od najtežih vremena ne samo srpske i uže crnogorske istorije, nego i uopšte istorije Srpske Crkve i Mitropolije Crnogorske, kada će se pojaviti najveći neprijatelji ne samo Srpske Crkve, nego i srpskog naroda, uopšte u njegovoj istoriji, a to su nacifašisti i komunisti.
Dana 6. aprila 1941. sile Trojnog pakta napale su Kraljevinu Jugoslaviju, a 17. aprila italijanske trupe okupirale su već Crnu Goru, a samim tim i teritoriju Mitropolije Crnogorsko-primorske. Uskoro su u Crnu Goru pokuljale rijeke izbjeglica, koje su živjele i radile uglavnom u Kosovu i Metohiji, Makedoniji, Bosni i Hrvatskoj. Među njima je bilo pored naših kolonista, veliki broj državnih službenika različitih poziva: oficira, profesora, učitelja, službenika raznih vrsta itd. Sa ulaskom italijanskog okupatora u Crnu Goru, sa istim su se odmah povezale pristalice bivše dinastije Petrović - Njegoš i jedan dio pristalica Crnogorske (federalističke stranke) u cilju vaspostave samostalne crnogorske države pod italijanskim protektoratom. Poslije višemjesečnih priprema, taj čin je izvršen 12. jula na Petrovdan u Cetinju. Mitropolit Joanikije Lipovac, i gotovo sve sveštenstvo Mitropolije Crnogorsko-primorske nijesu uzeli nikakvog učešća u sprovođenju ove ideje i čina i potpuno su se distancirali od njih.
Samo dan kasnije, narod Crne Gore je dao svoj odgovor na italijansku okupaciju i na ovu nepostojeću crnogorsku "suverenost", oružanim ustankom. Italijanski okupator je preduzeo opsežne mjere radi ugušenja ustanka, koje su uglavnom završene do kraja jula. Italijani su povratili veći dio izgubljene teritorije, a ustanike su sabili u neprohodna brdskoplaninska područja. Već u jesen 1941. godine, u ustaničkom pokretu došlo je do raskola na srpske monarhiste i komuniste. Komunisti su otpočeli sa tzv. drugom fazom revolucije, koja je podrazumijevala daje glavni neprijatelj ne okupator svoje zemlje, nego po njihovom nahođenju "domaća reakcija", koju je trebalo likvidirati, da bi se preuzela vlast i zaveo komunistički režim i novi ekonomski poredak. Jedan od stubova reakcije, po njima bila je i Srpska Crkva i srpsko sveštenstvo, te je njega trebalo ili fizički likvidirati ili izolovati od naroda da nema uticaj na njega. Time je počela Golgota sveštenstva ne samo na teritoriji Mitropolije Crnogorske-primorske, nego i uopšte u svim srpskim pokrajinama, koja je započeta ustaškim genocidom u junu 1941. godine. U toku rata, velika većina sveštenstva Mitropolije Crnogorsko-primorske bila je protiv komunista ili se bar distancirala od njih. To su komunisti i znali, te su već sa jeseni 1941. godine počeli sa učestalom likvidacijom srpskog pravoslavnog sveštenstva u Crnoj Gori. U nekim likvidacijama korišćene su potpuno varvarske metode, koje nijesu zaostajale za vremenom turske uprave srpskim narodom.
Jedan manji broj sveštenika je postradao u toku rata od Njemaca i Italijana, a većinu njih su pobili komunisti, kako u toku rata, tako naročito pri njegovom kraju, a neke i poslije njegovog završetka. Ono što su uradile ustaše u Hrvatskoj sa Srpskom Crkvom i pravoslavnim sveštenstvom, to i još crnje, učinili su komunisti sa Mitropolijom Crnogorsko-primorskom. Ta istina o nezapamćenom stradanju srpskog pravoslavnog sveštenstva u Crnoj Gori Crnogorske Mitropolije, a poslije rata i crkvenog naroda, tek je u novije vrijeme počela da dopire do javnosti. Evo šta je o tom stradanju u toku rata zapisao sam sveštenomučenik mitropolit Joanikije u svom Izvještaju Svetom Arhijerejskom Sinodu SPC (M. br 138/01.01.1944.): "Komunizam je ovamo nanio velika zla narodu. Ljute rane na našem nacionalnom organizmu jednako krvare... Crkva je žestoko stradala. Sedamnaest braće naše sveštenika ubijeno je. Crkve, molitveni domovi, poharani, mnogi manastiri porušeni i popaljeni. Sveštenici su bili prisiljeni da bježe ispred očigledne opasnosti i da se sklanjaju u gradove, dok se malo provedri i oni vrate svojoj pastvi..."
tradanja sveštenstva, međutim, tek su predstojala. U toku 1944. i 1945. godine gonjenje Crkve i sveštenstva u Mitropoliji Crnogorsko-primorskoj poprimilo je razmjere gonjenja Crkve u prvim vjekovima Hrišćanstva i onoga od boljševika u Rusiji poslije Oktobarske revolucije. Pod pritiskom strahovitog terora mitropolit Joanikije je krajem 1944. g. odstupio sa velikim dijelom biranog sveštenstva i monaštva i oko 12.000 nacionalista iz Crne Gore. Kao i narod, tako su i skoro svi ti sveštenici poubijani na Zidanom Mostu, Kočevskom Rogu, Teharju, Pohorju, Kamniku i okolini Maribora. Krajem maja 1945. g. mitropolit Joanikije je uhvaćen, stražarno sproveden u Aranđelovac (zajedno sa Savom Vuletićem, bivšim narodnim poslanikom Kraljevine Crne Gore i SHS) i tu ubijen bez suda i presude, najvjerovatnije polovinom juna 1945. g. Za grob mu se ni danas ne zna (U starom, u hrastovu šumu zaraslom groblju pod Bukuljom, postoje dva groba, koji bi mogli biti njih dvojice. Po drugoj verziji, poslije strijeljanja, i njih dvojica su bačeni u zajedničke grobnice u potoku ispod Aranđelovca, u kojima su sahranjivani brojni likvidirani mladići iz Šumadije zbog svoje pripadnosti Ravnogorskom pokretu. Te grobnice su danas potpuno uništene).
Na osnovu do sada objavljenih zapisa i svjedočanstava o imenima postradalih sveštenika, sveštenomonaha, katiheta i bogoslova Mitropolije Crnogorsko-primorske (nepotpuni, ponegdje i pogrešni spisak prvo je objavljen u "Glasniku", časopisu Srpskog istorijskog društva "Njegoš, Čikago, sv. 33, 1974. g.; preuzeo ga je B. Karapandžić; dopunjavao Đoko Slijepčević; na osnovu dokumentacije i "Konduit liste" mitropolije preciznije definisao Predrag-Peđa Vukić u rukopisu svog magistarskog rada iz istorije Mitropolije od 1941-1961. g., kao i Velibor Džomić u knjizi "Golgota Mitropolita Crnogorsko-primorskog Joanikija"), objavljujemo ovdje njihov Imenoslov, u nadi da će ubuduće biti još podrobnije i tačnije obrađen, kao i žitije svakog pojedinačno, od ovih novomučenika Crkve Hristove.