Postoje ozbiljne optužbe o hrvatskoj vojnoj intervenciji u BiH i o sukobima između Hrvata i Bošnjaka tokom rata koji su rezultirali etničkim čišćenjem i ratnim zločinima. Akcije Maestral i Cincar imale su ciljeve koji su u nekim slučajevima pomogli Bošnjacima, ali su takođe bile deo šireg vojnog konteksta i plana koji je uključivao ciljeve kao što su stvaranje "hrvatske teritorijalne jedinice" i sticanje kontrole nad područjima koja su bila ključna za hrvatske interese. U tom smislu, njihova pomoć Bošnjacima je bila podređena tim ciljevima, a ne nužno humanitarnim namerama.
Krajnji rezultat njegove pragmatične politike vođene sopstvenim interesima. I nemoj mi se obraćati tako da ti ne bih ***** mater, ti dam ja "napravite".
Jok i nije ga podržavao. Gotovina zajedno s Markačem 2012. godine osuđen za ratne zločine, presuda kasnije ukinuta zbog "proceduralnih grešaka". Praljak optužen za zločine protiv čovečnosti, uključujući etničko čišćenje Bošnjaka tokom rata u BiH, osuđen 2017. godine na 20 godina zatvora. Blaškić optužen za ratne zločine i zločine protiv čovečnosti tokom rata u Bosni i Hercegovini, uključujući zločine u selu Ahmići, 2000. godine osuđen na 45 godina zatvora, kasnije smanjeno na 9 godina.