Četiri meseca kasnije, u februaru 1482. godine, papa je dozvolio postavljenje još sedmorice dominikanaca za inkvizitore. Jedan od njih, prior manastira u Segoviji, ući će u istoriju kao inkarnacija najstrašnije španske Inkvizicije – Tomas de Torkemada. Torkemada je pre toga bio sasvim zadovoljan svojim moćnim mestom iza prestola, ali njegova fanatična odanost religiji načinila je od njega savršenog kandidata za mesto inkvizitora. Sa podrškom Krune, počeo je da progoni preverenike jeretike. Tokom tri godine od njegovog postavljenja, tribunali Inkvizicije bili su ustanovljeni na još četiri lokacije, a do 1492. godine već su operisali u osam velikih gradova. Do tada su, međutim, već počele da pljušte pritužbe španskih biskupa pa je papa, kao odgovor na njih, objavio bulu u kojoj je iskazao svoj bes zbog toga sto je toliko mnogo "iskrenih i vernih hrišćana pod optužbom neprijatelja, suparnika, robova, bez ikakvog legitimnog dokaza bačeno u svetovne zatvore, mučeno i optuženo... što su im oduzeta dobra i posedi, i što su predati svetovnom izvršiocu na pogubljenje."
Podvlačeći da inkvizicija nije tu samo da bi se obračunavala sa preverenicima, papa je podsetio na sve ono što Inkvizicija treba da čini. Ali, odluka o tome da li da španski inkvizitori ostanu ili da budu razrešeni svog zadatka nije ležala na papi – te je bula shvaćena kao flagrantni izazov monarhiji. Kao sto se moglo očekivati, kralj Fernando i kraljica Izabela bili su besni.
Suočen sa kraljevim otporom, papa je na kraju potpuno kapitulirao. Sedamnaestog oktobra 1483. godine, objavljena je nova bula kojom je ustanovljen Consejo de la Suprema y General Inquisision (Vrhovni savet svete Inkvizicije) – koja je trebalo da funkcioniše kao vrhovni autoritet Inkvizicije. Da bi predsedavao ovim savetom, stvorena je La Suprema, nova kancelarija vrhovnog inkvizitora. Njen prvi čovek bio je Torkemada. Svi inkvizicijski tribunali kroz hrišćansku Španiju bili su sada pod jednom centralnom administracijom, sa Torkemadom na njenom čelu. Pod njegovim rukovodstvom, Inkvizicija je ubrzo dobila svoj obris, i proširila svoju aktivnost na celu zemlju. Zahvaljujući Torkemadinom slasnom pregalaštvu, oslobađajuće presude postajale su sve ređe pa je tako, od ukupnog broja ubijenih u 300 godina koliko je trajala Inkvizicija, tri četvrtine njih stradalo u prve dve decenije njenog postojanja.
Torkemada je bio opsednut idejom o čistoti porekla i izmislio je Limpresa de Sangre, odnosno dokument o čistoli krvnog porekla. Svakome ko je u sebi imao imalo jevrejske krvi bilo je zabranjeno da drži javnu kancelariju, ili je bio optužen kao jeretik. Zenit Torkemadinih aktivnosti u Kastilji dosegnut je kada je krenuo protiv visokog i vrlo poznatog prelata kaji je, desilo se, bio potomak Jevrejina. Jedna od optužbi bila je da je nesrećni biskup ad Segovije iskopao posthumno ostatke svojih predaka kako bi uništio dokaz da su oni bili sahranjeni po jevrejskom ritualu. Biskup je poslat u Rim na suđenje, i umro je kao zatvorenik u vatikanskom zamku Sent Anđelo. Torkemadine optužbe bazirale su se isključivo na njegovoj pakosti.
Tribunal je (za dve godine svog postojanja), samo u gradu Siudad spalio pedeset dvoje jeretika, i osudio 220 begunaca, a osudio je i 183 ljudi na javno kažnjavanje. Već 1485. godini. tribunal je bio premešten u Toledo, gde je prvom auto de fe-u bilo podvrgnuto skom 750 ljudi. Sa neupaljenim svećama, i okruženi razjarenom gomilom koja bi nagrnula iz okolnih mesta, optuženi su terani da kroz grad, sve do vrata katedrale, prolaze bosi i gologlavi. Jedna petina njihove svojine im je oduzeta, prognani su i iz glavnih službi. a jedino im je bilo dopušteno da nose najgrublju odeću. Uz sve to, naređeno im je da u narednih šest nedelja, svakog petka, u procesiji idu udarajući se bičem od konoplje. U drugom auto de fe -u bilo je 900 kažnjenika, a u trećem 750. Pre kraja te godine. ukupna cifra bila je 5.000. Veliki broj njih, ponekada pedesetoro dnevno, bio je spaljen, a među žrtvama bilo je i više fratara, i eklesijastičkih zvaničnika.
Torkemada je napravio priručnik sa instrukcijama u kojima je do detalja bilo razrađeno kako se može prepoznati Jevrejin koji taji svoju veru (judeopreverenik). Ljudi su bili obučeni da pomno prate preverenike, i da proveravaju da li peru ruke pre molitve, da li menjaju veš subotom, i da li kupuju u jevrejskim radnjama. Potkazivanje naveliko bilo je ohrabrivano obećanjem da će posle punog priznanja doći oproštaj, što je njih hiljade poslalo pravo u ruke omraženog tribunala. Inkvizitori su imalu dva priručnika na raspolaganju, sa temom kako raditi sa jereticima. Prvi, "Propisi kancelarije Iakvizicije za jeretičku izopačenost', bio je napisan 1324. godine. Drugi, priručnik za inkvizitore", napisao je Nikolas Ejmerih. I jedan i drugi označili su Jevreje kao naročito opasne za hrišćansko društvo, a judeopreverenike kao najopasnije. Kada bi se Torkemadina povorka smrti pojavila, gradske kapije su se otvarale, a sve gradske rezerve bile su mu stavljane na raspolaganje, dok su mu se sudije klele na vernost i obožavanje. Inkvizicija bi dolazila u grad ili u selo u redovnim vremenskim razmacima, i predstavljala bi se lokalnoj crkvi ili gradskim vlastima. Bio bi određen dan kada su svi morali da dođu, da prisustvuju posebnoj misi, i javnom čitanju "Edikta" Inkvizicije. U tom određenom danu, posle ceremonije, inkvizitor bi podigao raspeće. Od onih koji su prisustvovali misi zahtevano je đa podignu desnu ruku, da se prekrste, i da ponavljaju zakletvu da podržavaju Inkviziciju i njene sluge.
Edikt je nabrajao nekoliko jeresi, među njima i islam i judaizam, i prozivao sve one koji su zbog kršenja zakona možda bili krivi. Ukoliko bi priznali svoju krivicu u određenom roku milosti – generalno trideset ili četrdeset dana mada je Inkvizicija imala pravo da taj rok smanji što je najčešće i činila – mogli bi biti prihvaćeni kao povratnici u krilo Crkve, i bilo bi im dopušteno da odu, uz određene obaveze pokajanja. Od njih bi bilo traženo da se odreknu svakog koji je nosio istu krivicu, ali koji nije istupio. U stvari, ovo je bio krucijalni uslov da neko dobije dozvolu da se "izvuče" samo sa tom kaznom. Jer, za Inkviziciju je "preverenik koji bi izdao svoje prijatelje bio mnogo korisniji nego pečeno telo."
U Španiji, kao i svuda, ljudi su koristili Inkviziciju da poravnaju stare račune, da se konačno osvete susedima ili rođacima, i da eliminišu poslovne suparnike. Svako je mogao da opanjka svakoga, a teret odbrane padao je na pleća optuženih. Ljudi su se sve više bojali svojih suseda, svojih poslovnih saveznika, u stvari, svakoga kome su se mogli zameriti jer bi time, najčešće, stvorili lažnog svedoka protiv sebe, pa su ponekada priznavali en masse, popuštajući pred paranojom i užasom koji je Inkvizicija izazivala.
Sitne denuncijacije bile su više pravilo nego izuzetak. Kao rezultat lažnog svedočenja tokom 1480, u Kastilji je više od 1.500 ljudi bilo spaljeno na lomači, a da često nisu ni bili svesni ko ih je optužio. Takom ispitivanja, svedoci su bili anonimni, a njihova je svedočenje objavljivano bez ijednog jedinog podatka na osnovu kojeg bi se moglo naslutiti ko su oni.
Svoju energiju i podsticaj Inkvizicija je crpila iz samog naroda koji je progonila, a njena je moć proizlazila iz flagrantne eksploatacije najslabijih i najpotkupljivijih aspekata ljudske prirode. Teorijski, svaki je slučaj proučila grupa teologa – inkvizitor koji je dolazio sa strane, i najmanje još jedan iz mesta, ali je u praksi najviše ljudi već bilo uhapšeno pre nego što su njihovi slučajevi mogli da budu proučeni. Zatvori Inkvizicije bili su prepuni optuženika koji su čekali da čuju optužbe proziv sebe. i moglo se desiti da tako ostanu zatvoreni godinama a da uopšte i ne saznaju zbog čega su zatvoreni. U međuvremenu, i njima i njihovim porodicama bilo bi oduzeto sve što poseduju jer je hapšenje bilo uvek praćeno istovremenom konfiskacijom svega što je optuženi imao – svega, od kuće do šerpi i lonaca. Dok je vreme provodio u zatvoru, to što je optuženom oduzeto moglo je biti i prodato kako bi se platilo to što je u zatvoru. Kada bi najzad bio pušten, suočio bi se sa bankrotom i prosjačkim štapom. U dokumentima iz onog vremena stoji da su deca zatvorenika često umirala od gladi. Što se tiče kazni, čak i one najmilostivije mogle su da budu vrlo okrutne. Najblaža je bila "disciplina". Jeretik koji bi priznao, bio bi primoran da svake nedelje deđe u crkvu sa štapom, potpuno nag. U toku mise, u određenom trenutku, sveštenik bi snažno tukao žrtvu pred celom pastvom – zgodni interludij božanske službe. Kažnjavanje se nije na tome završavalo. Svake prve nedelje u mesecu kažnjenik bi morao da dođe u jednu kuću u kojoj bi se sretao sa drugim jereticima, i opet bi i u njoj bio tučen. Za vreme praznika, od njega bi se zahtevalo da učestvuje u procesiji i da u njoj ponovo bude bičevan. Sve je to bilo određeno kao doživotna kazna, ukoliko ga inkvizitor, koji bi ponovo došao u mesto, ne bi od nje oslobodio.
Drugi oblik kazne bio je hodočašće. Budući da se ostvarivalo peške, za to je kažnjeniku bilo potrebno više godina, a za to vreme njegova je porodica često umirala od gladi. Cilj hodočašća bili su sveti hramovi, čak u Jerusalimu. Jereticima koji bi priznali moglo je da bude određeno i da doživotno nose veliki krst žuto-narandžaste boje, našiven na prednjoj i zadnjoj strani odeće. Na taj način bi kažnjenik u društvu bio stalno izložen poniženju, ismevanju i nasilju.