Još jedan problem sa HeLa jeste to što nema normalan kariotip (broj i izgled hromozoma u ćeliji). Henrietta Lacks (i drugi ljudi) imaju 46 hromozoma (diploidni ili set od 23 parova), dok se HeLa genom sastoji od 76 do 80 hromozoma (hipertriploidnih, uključujući 22 do 25 abnormalnih hromozoma). Ekstra hromozomi dolaze iz infekcije humanim papiloma virusom koji je dovodio do raka. Iako HeLa ćelije podsećaju na normalne ćelijske ćelije na više načina, one nisu ni normalne ni potpuno čovječe.
Dakle, postoje ograničenja za njihovu upotrebu.