Marko Perković Thompson je učestalo optuživan za fašizam, nacizam i ustaštvo. Jedna od razloga je što neki njegovi obožavatelji nose ustaška obilježja na koncertima, što Thompson smatra propustom policije, a ne organizatora. Thompson se nije ogradio od Ustaštva, ali je osudio Ustaške simbole na svojim koncertima.[4] Od fašizma se u nekoliko navrata javno odrekao. [5]
Jedan od argumenta koji navode njegovi protivnici je činjenica da publiku na koncertu pozdravlja "Za dom", koji je najpoznatiji po tome što su ga kao službeni pozdrav koristili ustaše. Druga zamjerka je Thompsonovo nošenje crne odjeće što kritičari tumače aluzijom na ustaške odore, koje su bile crne boje. Nakon koncerta na Dinamovom stadionu u Maksimiru, iz Centra Simona Wiesenthala stiglo je priopćenje Vladi RH u kojem se izražava zgražanje nad ustaškim znakovljem koje se isticalo na koncertu, kao i nad pozdravom "Za dom spremni!". Izražena je i zabrinutost što su se na koncertu pojavili neki članovi Vlade i saborski zastupnici. Unatoč tome, koncert je prikazao i HRT u gledanom nedjeljnom terminu.
Bio je optužen da je sudjelovao u izvođenju pjesme "Jasenovac i Gradiška Stara" što on opovrgava. Snimku, kojoj autentičnost nije potvrđena, a na kojoj navodno Thompson pjeva tu ustašku pjesmu, u kojoj se slavi ubijanje Srba te ostali ustaški zločini, objavio je internet portal index.hr.
U Nizozemskoj mu je 2003. zabranjeno izvođenje koncerta u Amsterdamu, uz obrazloženje da je fašistički pjevač. Dan kasnije dozvoljeno je izvođenje koncerta njegovoj grupi u Rotterdamu ali bez njega.
Dok jedni smatraju da je Thompson samo domoljub koji u svojim pjesmama veliča tradicionalne vrijednosti poput vjere u Boga i ljubavi prema obitelji i domovini, drugi ga smatraju ekstremnim nacionalistom.