Електрофореза

StoRmyGirl

StoRmyGirl

Domaćin
Poruka
4.176
Покушавам да нађем неко објашњење о томе како се
сређују резултати када добијемо гел?
Такође, ако неко можда има схему саме апаратуре..
Хвала!
 
Ако неко зна, узела сам пример са интернета:

elpho.jpg
 
..na levoj strani nalaze se molske mase marker proteina
(prva kolona, oznachena sa M) u daltonima najcheshce..
..marker proteini su komercijalne smeshe proteina poznatih masa
i sluze za procenu masa uzoraka (ostale kolone)..
...proteini u uzorku putuju kroz gel duze ili krace za isto vreme, srazmerno masi..to znash..
..na osnovu utvrdjene mase se identifikuju ili se uzorku odredjuje chistoca..
..prvi i drugi uzorak (kolona) na ovom gelu sadrze dve glavne komponente,
jednu mase 210000, koja je zastupljenija u drugom i jednu mase oko 55000
koja je zastupljenija u prvom uzorku..
..treci i narochito chetvrti uzorak pokazuju da je komp od 210000 odstranjena...
..mada blede trake pokazuju da ima primesa drugih
proteina, ovo bi se moglo smatrati pristojnim prechishcavanjem..
 
Хвала November child, али морам да поставим још једно
питање. :?

Како би средила резултате у случају да треба само да упоредиш
две колоне? Ја за свој рад нисам користила маркер, већ сам
користила 2 узорка, који су у основи исти.. надам се да ме разумеш.

Проблем је у томе да имам слику, али немам тон. :) Заправо, мучи ме
што не поседујем никакве податке, а вероватно бих требала? Или не?
Јеси ли имала слично искуство?
 
Kao prvo, nisi napomenula sta si pustila na elektroforezu, DNK ili protein. Drugo morala si pustiti markere jer ako si samo pustila dva uzorka jedino sto ces videti je da je nesto vece/manje od drugog ili da neceg ima ili nema, tj neces imati predstavu o stvarnoj vec samo relativnoj velicini. U koju svrhu si uopste pustala elektroforezu? Npr da pratis ekspresiju nekog proteina ili pak da analiziras restrikcione fragmente ili sta ti ja znam. Ono zasto postavljas elektroforezu i koje uzorke nanosis odredjuje njeno tumacenje. Dakle to je ton za tvoju sliku. Ako nesto pustis eto samo da bi pustila, onda to nece, naravno, imati nikakvog smisla. Skeniraj svoj gel i napisi sta si i zasto pustila, kao i protokol po kome si radila (ako te ne mrzi naravno) pa cu rado pokusati da ti pomognem da rastumacis.
Pozdrav!
 
slučaj sa slike kaže ovako - ovde su 4 uzorka i marker. uzeću da su proteini u pitanju.
marker u ovom slučaju sa slike, predstavlja smesu proteina za koje apsolutno znamo masu - merili nekada neki pametni ljudi. znaš kako ide elektroforeza, mislim princip? ako znaš, onda znaš i da se svi molekuli približno iste mase zaustavljaju na približno istom mestu. znači da sa leve strane imamo bukvalno lenjir koji nam, gle čuda, služi za upoređivanje mase proteina. a to znaš zašto. onda pogledaš gde se svaka ova plava crtica na uzorku nalazi - ako je crtica na uzorku baš tamo gde je na markeru 210.000, uzorak, dakle, sadrži proteine te mase. sad, mi smo to radili za određivanje frakcija proteina plazme, pa smo mi na jedan način analizirali rezultate, ali ako ti pratiš prisustvo recimo, tumorskih markera ili koznačega, formulisaćeš izveštaj na drugi način. ali poenta je ista - sa leve strane ti je lenjr, a ti gledaš koje od crtica tog lenjira imaš u uzorku.
a, sad, šta ako nemaš marker... da li se radi o nekoj "uobičajenoj" elektroforezi, pa se očekuje da postoji standard, kao za proteine plazme? ili...?
sad, ako samo treba da porediš rezultate dve elektroforeze možeš da kažeš samo - u oba uzorka prisutni su proteini istih molekulskih masa, što nam, s obzirom na prirodu uzoraka, ukazuje na to da su ti uzorci isti po... lupaj, štajaznam, šta ti treba odnosno šta tražiš.

oke, ako zaškripi negde, imaš pomoć sa tri strane, tako da... srećan rad!
 
Радим узорке млека и немам податке о ком протеину је реч,
нити смо користили маркер. Реч је о томе да имам један узорак
обичан узорак млека који би требало да упоредим са другим
узорком који је озрачен..
 
Po mom misljenju, trebalo je da pustis i markere mase, kako bi se orjentisala za diskusiju. Na primer, sa leve strane imas, ajd da tako kazem "Budze" na par mesta, koje sa desne izostaju. Dakle rec je o proteinima neke molekulske mase (da imas marker mogla bi da kazes i koje, a na osnovu toga i da pretpostavis koji su to proteini) koji su se pod uticajem zracenja degradovali. Shodno tome , sa desne strane se javlja veci broj proteina manje molekulske mase, koji u stvari predstavljaju fragmente ili na neki nacin izmenjene normalne proteine mleka. Moj ti je savet da sledeci put pustis i markere mase, i onda mozes da vidis koje mase su ti neke specificne trake, nadjes na netu koji proteinimleka imaju tu molekulsku masu. Onda uporedis koje to trake imas sa leve, a nemas sa desne strane (ukazuje na degradaciju) i obrnuto koje imas sa desne a nemas sa leve strane (ukazuje na fragmente ili promenu proteina). Onda lepo mozes da prodikutujes koji su proteini osetljivi na zracenje (oni gde postoji razlika izmedju leve i ždesne trake), a koji nisu (tamo gde razlike nema). Izvini zbog duzeg i mozda preterano detaljnog posta, li ne znam koliko ti je to srodno.
Veliki pozdrav
 
Мрвичак хвала ти пуно! Али, морам да те искористим
за још једно питањце..
viannen_39.gif
Прочитала сам на интернету да постоји некаква Rf вредност која се (ваљда) израчунава у случају да немаш податке који су протеини у питању. Да ли знаш нешто о томе?

Хвала!
 
Znas kako, ja tu Rf vrednost nisam nikad uzracunavala mada u osnovi znam princip. Ideja je da se konstruise zavisnot masa proteina/duzina predjenog puta na gelu i ona je za svaki tip gela drugacija (nije ista za npr 7% i 10% poliakrilamidni gel). Rf = masa proteina podeljeno sa predjenim putem. Tako prvi put na gel pustis samo standarde poznate mase i izmeris im predjene puteve. Izracunas Rf vrednosti za svaki i nacrtas pravu zavisnosti predjenog puta od mase. Tako svaki sledeci put kada radis sa takvim gelom ne moras da pustas i standarde (jer u zemlji Srbiji je stednja na prvom mestu :D) vec na osnovu predjenog puta tvog proteina ti iz grafika ocitas njegovu masu. Eto, ako imas takav grafk, markeri ti ne trebaju i onaj tvoj gel onda ima smisla.
Slobodno pitaj sta god te zanima. Meni je jako zao sto kod nas ne postoje specijalizovani forumi za probleme u nauci, u smislu prakticnog rada, gde bi ljudi izmenjivali savete i iskustva. Ima par takvih stranih foruma, ja kad sam jurila neko monoklonsko antitelo, neki decko mi je u roku od dva dana iz ciste dobre volje nasao sve o njem, i gdde da kupim i kako da narucim i koliko kosta i kako se cuva... Ne mogu ti reci koliko mi je vremena ustedeo. Tako da ja stvarno koliko znam, uvek cu rado pomoci jer i drugi meni pomazu, pa da uspostavimo neku dobru karmu. :-P
 
Потпуно те разумем, само ми је жао што нема више таквих
људи као што си ти. Ни сама никада нисам одбијала да пружим
помоћ уколико сам у могућности, али била сам у ситуацији да,
што се науке тиче, често наиђем на људе који не желе да
помогну, пренесу знање и искуство. Још трпим последице тог
разочарења..

Покушаћу да применим Rf на мој гел, па ти се јављам! ;)
Срце си Мрвичак!
 
Prijavite se ili registrujte da biste poslali poruku.

Back
Top