Pravoslavno tumačenje naglašava da je crkva bosanska bila izvorno pravoslavna crkva, koju su katolici proglasili jeretičkom da bi imali opravdanje za krstaške pohode. Zadarski pravnik Božidar Petranović u delu „Bogumili, Crkva bosanska i krstjani“ objavljenom 1867. godine, ističe da je Crkva bosanska bila jedna od pravoslavnih crkava, verovatno srpska, koja je pod uticajem bugarskih bogumila prihvatila neka jeretička verovanja. Bogumilima se u Bosni osporava svako postojanje jer se njihovo ime ne spominje u izvornim spisima. Naziv "patareni", kojim su katolici nazivali pripadnike bosanske crkve, Glušac tumači verovanjem u ishođenje Svetog Duha samo od Oca (ex Patre), koje je zapadna crkva osudila na splitskom saboru 1060. godine. Kao dokazi ove teorije se obično navode: narodna imena djedova crkve bosanske (koja se tumače kao srpska), ćirilično pismo i staroslovenski jezik u bogosluženju, slavljenje praznika prema istočnom kalendaru i naziv šizmatik koji je rimska crkva upotrebljavala za pravoslavce (Šizmatik (raskolnik) je onaj ko se odmetne hijerarhijski, a jeretik (krivoverac) ko se odmetne i dogmom odnosno učenjem).
Ovu teoriju zastupaju Genadije monah, Božidar Petranović, Atom (pseudonim Sime Tomića), Vid Vuletić Vukasović, Vaso Glušac i drugi.