1990-е године су биле веома тежак период за Бексињског.
Његова жена Зофија преминула је 1998. године, а годину касније,
1999. године, дан пре Божића, његов син Томас починио је
самоубиство.
Бексински је пронашао тело свог сина. Пошто се није могао помирити са чињеницом да му је син мртав,
наставио је да чува коверту коју је написао за Томаса, у случају да умре.
Дана 21. фебруара 2005. године, Бексињски је пронађен мртав у свом стану,
са 17 убода
ножем, од којих су два била фатална.
Бексињског је убио тинејџер Роберт Купиец, син дугогодишњег Бексињсковог чувара,
након што је Бексињски одбио да му да зајам од неколико стотина злота.
Роберт је осуђен на 25 година затвора, а његов саучесник, Лукас Купиец на 5 година затвора.
Иако су Бексињскове слике биле туробне, он је био веома пријатна особа
која је знала да ужива у разговору и која је имала чудан смисао за
хумор
. Био је искрен, скроман и понекада стидљив, те је избегавао јавне догађаје,
укључујући и отварање сопствених изложби.
Музика му је била главни извор инспирације.
Тврдио је да га нису инспирисале литература, биоскоп или радови других уметника,
и скоро никада није посећивао
музеје или друге изложбе.
Бексињски је избегавао конкретну анализу садржаја свог дела, говоривши
Н
е могу да смислим разумну изјаву о слици.
У граду Саноку у Пољској, постоји музеј посвећен Бексињском.
Бексињскијев
крст, који има карактеристичан Т облик који је уметник често користио,
био је постављен у пустињи Невада за годишњи догађај Burning Man, када се симболично пали велика дрвена скулптура.
