U narednim godinama manastir Banja, sudeći po slavnim ličnostima srpske istorije, postaje centralni hram i mauzolej poglavara humske zemlje, porodice Vojinović (M. Šakota, Riznica manastira Banje kod Priboja, Beograd, 1981, 12). Banja je svakako bila u njihovim rukama kada je u njoj 1349.. godine sahranjen veliki čelnik Dimitrije koji je držao Gacko, Dabar, Drinu i Rudine.
NADGROBNA PLOČA VELIKOG ČELNIKA DIMITRIJA VOJINOVIĆA
Četrnaest godina kasnije sahranjen je u Banji najmoćniji i najslavniji Vojinović, veliki knez Vojislav, pored kralja Vukašina najznačajniji velikaš Uroševe Srbije. Ovde je sahranjena i njegova snaha, ćerka vojvode Mladena, rodonačelnika Brankovića i majka župana Nikole Altomanovića je ovde sahranjena negde između 1363. i 1371. godine. I monah Mihailo, koji je pre zamonašenja nosio dvorsku titulu čelnika i ime Lazar, verovatno član iste porodice, sahranjen je u ovom manastiru. Nijedna nadgrobna ploča nije pronađena in situ, pa se ne može reći da li su se nalazile u crkvi svetog Nikole ili nekoj od druge dve, manje crkve.
Mirjana Šakota je iznela pretpostavku da je možda neko iz porodice Vojinovića podigao jednu od sporednih crkvi ovog manastira i tako preuzeo ktitorska prava. U prilog ovoj tezi ide i činjenica da zasad nisu poznate zadužbine Vojinovića, iako je ekonomskoj i političkoj snazi bio potreban spoljni sjaj i legitimitet (M. Šakota, Riznica manastira Banje kod Priboja, Beograd, 1981, 12). Ova teza nije potvrđena dosadašnjim istraživanjima.
Široko je rasprostranjeno mišljenje da je Banja posle pada Nikole Altomanovića pripala banu Tvrtku kada je ukinuta Dabarska episkopija i sedište episkopa preneto u Mileševu. Ovaj period istorije manastira Banje je dosta nepoznat, za razliku od Mileševe, koja postaje aktivni centar u državi bana Tvrtka. Neki istraživači smatraju da je predeo oko manastira Banje, odnosno desni deo donjeg Lima, posle pada Altomanovića, sigurno ulazio u sastav Tvrtkove države
