Приликом напада на СССР фон Манштајн, као ни други високи одфицири, није консултован. Када је Хитлер 22. јуна отпочео своју велику офанзиву, фон Манштајн је првих недеља Барбаросе агресивно повео свој LVI оклопни корпус, истичући се брзим продором на северном фронту кроз балтичке државе према Лењинграду.За разлику од многих других комаданата, он је своје трупе водио са линије фронта и сва неопходна наређења је издавао на лицу места. Уживао је поштовање и апсолутно поверење својих војника, који су му се дивили као брижном и одлучном лидеру. Иако је у приватном животу био поприлично резервисан, стекао је репутацију дарежљивог и праведног.Хитлер је волео Манштајнов стил и био је свестан његових достигнућа и репутације. 12. септембра га је поставио за комаданта 12. армије након погибије генерал-пуковника Еугена фон Шуберта.Невероватни успеси фон Манштајна у бици за Крим, као и при заузећу Севастопоља, натерали су Хитлера 1. јануара 1942. унапреди у чин генерал пуковника, а већ 1. јула 1942. у федмаршала.
Када је федмаршал Валтер фон Браухич 19. децембра 1941. смењен са дужности главнокомандујућег Вермахта, многи млађи генерали су се надали да ће Манштајн бити његов наследник, али је Хитлер поред дручих дужности себе поставио и на ову. Хитлер се носио мишљу да Манштајна постави на дужност начелника генералштаба, али је осетио да би се можда показало да је тежи за ''сарадњу'' и од генерала Франца Халдера.Још један фактор је можда био што је у том тренутку Манштајн био укњучен у комплексну и тешку битку за Крим, која је укључивала и опсаду Севастопоља и која се завршила тек 4. јула 1942.
Јесен 1942. је била преломна тачка за Вермахт на Источном фронту и северној Африци. На несрећу немачке 6. армије, Хитлерова преамбициозна и лоше осмишљена офанзива у Русији довела је до коначног уништења немачких, румунских и италијанских снага код Стаљинграда. Фон Манштајну је дата команда над армијском групом Дон у јесен 1942, која се састојала од ицрпњене IV оклопне армије, лоше опремљених румунских трупа и бедних остатака VI армије у стаљинградском џепу.Од овог момента однос између Хитлера и Манштајна је испуњен неразумевањем и конфликтима, с обзиром да он није био официр који би само извршавао наређења. Покушај деблокаде VI армије у операцији Зимска олуја је био безуспешан,ипак успева да стабилизује јужни фронт задајући низ пораза совјетима дуж Дњепра и код Харкова марта 1943.Фон Манштајн, мајстор маневра и офанзивне стратегије, је још једном успео да преузме иницијативу. Хитлер је лично посетио Маштајнов штаб и одликовао га са Витешким крстом са храстовим лишћем. Он није био поштован од своји колега високих официра, већ је и Хитлер показао дивљење Манштајновим иновативним идејама, које су парадоксално веома често биле у супротности његовим.