Da probam da budem kratak.
Dakle, NTFS jeste noviji i bolji fajl sistem, ali definitivno ne bez mana. Prvo, najveći fajl pod FAT32 sistemom može biti 4GB, dok NTFS prevazilazi to ograničenje. Drugo, veličina klastera kod FAT32 je fiksna, dok je kod NTFS veličina klastera dinamička.
Tako dolazimo do one priče da u FAT32 fajlovi od recimo 30 bajta i 4KB zauzimaju isti prostor na disku.
NTFS je "sigurniji" fajl sistem zbog enkripcije koju omogućava... itd.
Međutim, moje iskustvo govori ne baš u prilog NTFS-u i to iz jednog razloga. Sklon je beskonačnom usporavanju. Pošto sam imao prilike da testiram u laboratoriji (idelani uslovi, kontrolisana situacija) na 8 prilično jakih mašina, istih konfiguracija. Posle dve nedelje intezivnog rada, mašine koje su bile na NTFS-u su se tragično usporile, baš iz razloga potpunog iskorišćenja prostora (pomenuta problematika sa klasterima). Čak i kada je test ponovljen na RAID-u, mašine koje su bile na NTFS-u su gotovo po sporosti sustigle one bez RAID-a (koje su bile na FAT32).
To bi ukratko bilo to. Ovakvi problemi se (donekle) rešavaju čestom defragmentacijom diska, ali nekad ni to ne pomaže.
Ja konkretno na svojoj mašini imam NTFS na RAID diskovima na kojima je WinXP, jer je ipak tehnički savršeniji, ali za svakodnevni rad većine početnika, više nego dobar je FAT32.