Ubrzo nakon što je NATO započeo bombardovanje Jugoslavije, Milošević je naredio da svi leševi na Kosovu, koji bi mogli biti od interesa za Haški tribunal, treba da bude uklonjeni.
Zločini su prikrivani tajnim transportovanjem leševa ubijenih civila sa Kosova u unutrašnjost Srbije. 6. aprila 1999. godine je u Kladovu iz Dunava isplivala hladnjača s prizrenskim tablicama i sa oko 80 leševa.
„U momentu kada smo mi to privukli do obale, onda je došlo do konsultacije da li da otvorimo, da vidimo šta je to toliko teško da ne možemo kamion da dignemo. Kad smo otvorili vrata, ukazao se jeziv prizor, a to su bili leševi. Mi nismo znali onda ni čiji su, ni šta je, kasnije se to saznalo.“
(Jedan od ronilac)
Policija je nekoliko dana kasnije sazvala ljude koji su radili na vađenju hladnjače i saopštila im da su to Kurdi, šverceri, koji su probali da pređu u Rumuniju, pa su se podavili.“Meštaninu koji je obelodanio da su pronađeni leševi Alabanaca sa Kosova, a ne Kurdi, pretile su Crvene beretke, a kasnije je pronađen mrtav. Kamion iz Prizrena je uništen, a policijski general Vlastimir Đorđević je naredio prebacivanje tela drugim kamionom u Beograd. Mnogi od ubijenih Albanaca su sahranjeni u masovnim grobnicama u okolini Beograda.Tužilac Međunarodnog suda Čester Stemp naveo je da je samo na lokaciju u Batajnici, krajem aprila 1999, najmanje šest šlepera donelo tela Albanaca ubijenih u višestrukim zločinima u različitim delovima Kosova.
U maju 2001. godine, zalaganjem Zorana Đinđića, srpska vlada je objavila da je kamion pun leševa Albanaca (ukupno 86 tela) bačen u Dunav u Srbiji tokom rata na Kosovu. U maju 2001. godine MUP Srbije je saopštio da je prevoženje tela ubijenih civila i njihovo sahranjivanje na tajnim lokacijama u unutrašnjosti Srbije, dogovoreno u kabinetu bivšeg predsednika Slobodana Miloševića u martu 1999. godine. Otvorena je istraga koju je vodio inspektor MUP Srbije Dragan Karleuša.
Posle više od četiri meseca iskopavanja, srpski zvaničnici su izjavili da se u užoj Srbiji nalazi najmanje sedam masovnih grobnica sa nekih 430 tela. Te lokacije uključuju grobnice na policijskom poligonu u Batajnici kod Beograda, u Petrovom Selu u istočnoj Srbiji i kod brane Perućac u zapadnoj Srbiji. Najviše leševa pronađeno je na policijskom strelištu u Batajnici kraj Beograda - 980, zatim na poligonu posebnih policijskih jedinica u Petrovom Selu u Istočnoj Srbiji - 77, i kod jezera Perućac, blizu granice sa Bosnom - 48. Pronađena su tela žena, dece, upadljivo je odsustvo vojnih uniformi, a predmeti koji su pronađeni su lične karte i lične stvari, kao što je „pismena vežba iz istorije", lekovi, češljevi, cucle, amajlije itd. Prema izveštaju Međunarodne komisije za nestale osobe, u većini grobnica ima tragova daljeg uništavanja tela mehanički (bagerima) i spaljivanjem.Do 2008 je oko 800 posmrtnih ostataka Albanaca pobijenih i pokopanih u masovne grobnice po Srbiji ekshumirano i vraćeno porodicama.
Kao svedok na suđenju osmorici policajaca za zločine nad albanskim civilima tokom masakra u Suvoj Reci, Dragan Karleuša, penzionisani inspektor MUP Srbije, posvedočio je da u Srbiji ima još grobnica sa posmrtnim ostacima Albanaca i da iz jezera Perućac nisu još izvađena sva tela koje je srpska policija ubacila za vreme NATO bombardovanja. On je rekao da su leševi prevoženi po nalogu vrha MUP-a. Zbog istrage kojom je rukovodio dobio je više anonimnih pretnji da je "izdajica srpskog naroda" i pretnji na račun njegove porodice.
10. maja 2010. je pronađena još jedna grobnica u Rudnici kod Raške, sa oko 250 tela kosovskih Albanaca. Grobnica se nalazi u dvorištu preduzeća "Kosmet put". To je šesta pronađena masovana grobnica u Srbiji, a druga po veličini. Prema preliminarnim podacima, pripadnici Vojske Jugoslavije su učestvovali u prebacivanju posmrtnih ostataka iz primarne grobnice u okolini Drenice maja ili početkom juna 1999. godine u masovnu grobnicu nedaleko od Raške
