(Biologija) Globularni proteini

fantom piroman:
E sada me nesto zanima- cesto se kazu da su globularni proteini u stvari proteini loptastog oblika. Medjutim ja u tom obliku vidim sve sem lopte. Kakve to veze sada ima? I po cemu se razlikuju od fibrilnih proteina?
Kliknite za proširenje...

Meh. Podela na globularne i fibrilne proteine je prilično arbitrarna, i u striktnom biohemijskom smislu besmislena.

"Globularan" ovde znači u principu "odvojeno parče materije". Ovi proteini su u stvari nepravilnog oblika (ja bih pre rekao da liče na asteroide nego na kugle), i uglavnom su rastvorljivi u vodi (naravno, u zavisnosti od koncentracije drugih proteina, temperature, pH, koncentracije soli, i mase drugih faktora).

"Fibrilni" proteini su tipa kolagena ili keratina: dugačke niti koje se međusobno povezuju i stvaraju nerastvorljive "kablove" koji organizuju tkiva i međućelijske matrice.

Biohemičari koriste ove termine retko, i samo u najgeneralnijem smislu. Ja ih lično potpuno izbegavam.

Najveći deo proteina se ne uklapa u ove kategorije. Recimo, nijedan transmembranski protein ne može zaista da se nazove ni globularnim ni fibrilnim. Ili čak prostije, alfa i beta tubulin - šta su oni? Sami po sebi, definitivno su globularni proteini...ali kada se organizuju u mikrotubule, šta su onda? Nisu više globularni, ali sigurno nisu ni fibrilni.
 
fantom piroman:
E sada me nesto zanima- cesto se kazu da su globularni proteini u stvari proteini loptastog oblika. Medjutim ja u tom obliku vidim sve sem lopte. Kakve to veze sada ima? I po cemu se razlikuju od fibrilnih proteina?
Kliknite za proširenje...

Ja cu probati da ti objasnim zasto kad je vec endonukleaza reko razlike. :)

Protrini se medju sobom povezuju sa raznim vezama - medmolekularne veze:
- H- veza
- van der valsove veze
- orjentacijske veze

-one su slabije nego medatomske veze (ionska, kovalentna, nekovalentne) al su vazne za sastvaljanje mega proteina.

Samu strukturu proteina odredjuje i voda - hidrofilni delovi -(vodu vole se povezuju sa njom), hidrofobni delovi (je nevole i se zakopavaju u globinu proteina ili medju memrane celija).

Za aktivnost proteina pa nije samo odgovorna voda nego i procesiranje mRNA ili samog proteina (šaperoni su odgovorni da se proteini saviju kako teba ) sastavljanje iz vise delova i podenota. Jer da bi bio protein aktivan treba i s-s mostovi (veze) se uspostave.
chaperone-illustration.jpg



To se najbolje vidi kod kose - kovrdjava kosa ima mnogo s-s mostova kad denaturiramo sa peglom u kosi proteine porusimo jim s-s mostove i ona postaje prava - dok vlaga je nazad kovrdja.

Sad pitanje zasto belance kod jajca pobeli kad ga pecemo? :) - koagulira
 
najjednostavnije objasnjenje bi bilo da su fibrilalrni oblika niti, a globularni loptastog...koliko znam, oblik koji imaju utice jako na sposbnost njihove agregacije i posledicno na njihovu fiziolosku ulogu, ili patologiju do koje agregati mogu da dovedu-primer je alfa-sinuklein, koji je neophodan za normalnu sinapticku funkciju, a kao agregiran se javlja u Parkinsonovoj bolesti, za agregaciju je fibrilarno stanje, koliko se secam, presudno
 
malavelika:
najjednostavnije objasnjenje bi bilo da su fibrilalrni oblika niti, a globularni loptastog...
Kliknite za proširenje...
tacno, ali to je vec receno...
malavelika:
koliko znam, oblik koji imaju utice jako na sposbnost njihove agregacije i posledicno na njihovu fiziolosku ulogu, ili patologiju do koje agregati mogu da dovedu
Kliknite za proširenje...
tacno i netacno, razlikuje se vise stanja u foldingu (tj. sklapanju) strukture proteina. Postoji jedna (u nekim slucajevima i vise, razlicite konformacije proteina) pravilno sklopljena struktura proteina (eng. folded protein), svi ostali oblici (strukture) su ili medjuproizvodi sklapanja te pravilne strukture ili rastvorljivi ili nerastvorljivi agregati neuspjelog sklapanja. Postoje proteini ili dijelovi proteina koji takodje nemaju strukturu, a opet imaju fiziolosku ulogu (o tome bi se moglo pisati duze)

malavelika:
primer je alfa-sinuklein, koji je neophodan za normalnu sinapticku funkciju, a kao agregiran se javlja u Parkinsonovoj bolesti, za agregaciju je fibrilarno stanje, koliko se secam, presudno
Kliknite za proširenje...

...pogresno...alfa-sinuklein je jedan od gore navedenih proteina koji su prirodno solubilni a nemaju strukturu i kao takav ispunjava svoju fizilosku funkciju. Ono sto ti navodis je patolosko stanje izazvano u ovom slucaju mutacijama u proteinu koje vode ka tome da jedan njegov dio dobija stabilnu strukturu beta-plocice. Takve beta-plocice posjeduju mogucnost formiranja amiloidnih fibrila, koji imaju genaralno fibrilarnu strukturu, ali u principu predstavljaju polimere nepravilno strukturiranih ili agregiranih proteina(ili jednog proteina). Najcesci uzrok tome su mutacije u proteinima koje kao sto rekoh vode k' tome da se u jednom dijelu proteina formira stabilna beta-plocica, mala kompleksnost u sekvenci aminokiselina (poli-glutamin) takodje vodi u isti scenario.
...sa druge strane, moguce je dobiti amiloidne fibrile i bez mutacija...u tom slucaju mjenja se fizicko-hemijska okolina proteina...promjene pH, temperature, pritiska...
...takodje je moguce napraviti sinteticki amiloidni fibril...za one koji su zainteresovani, mozete pogledati radove David Eisenberg-a sa Univerziteta Kalifornije u Los Andjelosu (UCLA)...http://www.doe-mbi.ucla.edu/people/eisenberg
 
malavelika:
koliko znam, oblik koji imaju utice jako na sposbnost njihove agregacije i posledicno na njihovu fiziolosku ulogu
Kliknite za proširenje...

Da dodam na Diretoreovu poruku jedan opštepoznat primer - hemoglobin A, sa E6V mutacijom.

Hemoglobin je klasičan globularni protein (globin, jelte), ali sa ovom mutacijom se agregira u fibrilarne kristale koji deformišu ćeliju. Da li je sada ovaj protein globularan ili fibrilan? Arbitrarno...
 
diretore:
tacno, ali to je vec receno...

tacno i netacno, razlikuje se vise stanja u foldingu (tj. sklapanju) strukture proteina. Postoji jedna (u nekim slucajevima i vise, razlicite konformacije proteina) pravilno sklopljena struktura proteina (eng. folded protein), svi ostali oblici (strukture) su ili medjuproizvodi sklapanja te pravilne strukture ili rastvorljivi ili nerastvorljivi agregati neuspjelog sklapanja. Postoje proteini ili dijelovi proteina koji takodje nemaju strukturu, a opet imaju fiziolosku ulogu (o tome bi se moglo pisati duze)



...pogresno...alfa-sinuklein je jedan od gore navedenih proteina koji su prirodno solubilni a nemaju strukturu i kao takav ispunjava svoju fizilosku funkciju. Ono sto ti navodis je patolosko stanje izazvano u ovom slucaju mutacijama u proteinu koje vode ka tome da jedan njegov dio dobija stabilnu strukturu beta-plocice. Takve beta-plocice posjeduju mogucnost formiranja amiloidnih fibrila, koji imaju genaralno fibrilarnu strukturu, ali u principu predstavljaju polimere nepravilno strukturiranih ili agregiranih proteina(ili jednog proteina). Najcesci uzrok tome su mutacije u proteinima koje kao sto rekoh vode k' tome da se u jednom dijelu proteina formira stabilna beta-plocica, mala kompleksnost u sekvenci aminokiselina (poli-glutamin) takodje vodi u isti scenario.
...sa druge strane, moguce je dobiti amiloidne fibrile i bez mutacija...u tom slucaju mjenja se fizicko-hemijska okolina proteina...promjene pH, temperature, pritiska...
...takodje je moguce napraviti sinteticki amiloidni fibril...za one koji su zainteresovani, mozete pogledati radove David Eisenberg-a sa Univerziteta Kalifornije u Los Andjelosu (UCLA)...http://www.doe-mbi.ucla.edu/people/eisenberg
Kliknite za proširenje...

sinuklein ne mora biti mutiran da bi agregirao, sta je sa sporadicnim slucajevima PD-a, gde je Syn takodje agregiran u Levijevim telima? u njegovom slucaju mt samo lakse dovodi do toga da iz alfa-heliksa predje u beta-plocu
p.s. lepo sto vas opet vidim kolega, a posto vidim i da blotujete, budite ljubazni, pa mi recite koji sistem za kvantifikaciju western blota koristite? i da li ste radili sa pulovanim uzorcima i kako onda kvantifikujete? koja statistika?
 
malavelika:
sinuklein ne mora biti mutiran da bi agregirao, sta je sa sporadicnim slucajevima PD-a, gde je Syn takodje agregiran u Levijevim telima? u njegovom slucaju mt samo lakse dovodi do toga da iz alfa-heliksa predje u beta-plocu
Kliknite za proširenje...
... u slucajevima kada sinuklein nije mutiran a vodi k' agregiranju, tj. formiranju amiloidnih fibrila pricamo o necemu/ili nekome sto mjenja normalan ekvilibrijum u sklapanju (fold-ovanju) sinukliena. Ako sinuklein u normalnom fizioloskom stanju nema odredjenu strukturu ili odredjen dio proteina osciliuje izmedju dva stanja alfa-heliksa i beta plocice (tj nalazi se u ekvilibrijumu izmedju ta dva stanja), bilo koji agens koji pomjera ekvilibrijum ka stabilnom stanju beta plocice moze da izazove stvaranje amiloidnih fibrila. Agensi u ovom slucaju mogu biti mali molekuli (odredjen ligand, kofaktor, i sl), proteini (promjena u interakcijama vezana za mutacije u drugim proteinima, bez mutacija u sinukleinu), kao i sama promjena celijske homeostaze (vec sam napisao pH, razlicita koncentracija odredjenih jona, i sl).
Opste je poznato da proteini u sekundarnom prenosu signala posjeduje tzv. linearne motive ili odredjene dijelove proteina koji nemaju sekundarnu strukturu. Takvi motivi u procesu prenosa signala pod uticajem hemijskih (fosforilacija, metilovanje i sl. odredjenih aminokiselina) ili fizickih promjena (interakcija sa odredjenim proteinom, vezivanje liganda, i sl.), ili obe navedene, najcesce dobijaju metastabilnu sekundarnu strukturu (heliks ili beta plocica). Pomjeranje ekvilibrijuma u korist stabilne sekundarne stukture u ovom slucaju vodi k' konstantnoj aktivnosti ili neaktivnosti odredjenog proteina i pojavom patoloskih stanja (vrlo cest slucaj kod razlicitih tipova raka, ali i kod drugih oboljenja).

...i opet tvoj odgovor o amiloidnim fibrilima nije odgovor na pitanje koje je piroman postavio jer amiloidni fibrili predstavljaju neprirodni oblik agregata(polimera) jednog ili vise proteina a ne normalnu strukturu proteina.

malavelika:
p.s. lepo sto vas opet vidim kolega, a posto vidim i da blotujete, budite ljubazni, pa mi recite koji sistem za kvantifikaciju western blota koristite? i da li ste radili sa pulovanim uzorcima i kako onda kvantifikujete? koja statistika?
Kliknite za proširenje...

nesto i ne blotujem u poslednje vrijeme...a sto se tice sistema za kvantifikaciju najcesce koristim ImageQuant (Molecular Dynamics). Ne razumijem sta znaci pulovani uzorci? (vise linija ili tacaka na jednom western-u, ili sakupljene frakcije nanijete u jednom uzorku ili nesto trece)
 
diretore:
...i opet tvoj odgovor o amiloidnim fibrilima nije odgovor na pitanje koje je piroman postavio jer amiloidni fibrili predstavljaju neprirodni oblik agregata(polimera) jednog ili vise proteina a ne normalnu strukturu proteina.

nesto i ne blotujem u poslednje vrijeme...a sto se tice sistema za kvantifikaciju najcesce koristim ImageQuant (Molecular Dynamics). Ne razumijem sta znaci pulovani uzorci? (vise linija ili tacaka na jednom western-u, ili sakupljene frakcije nanijete u jednom uzorku ili nesto trece)
Kliknite za proširenje...
on nije ni pitao o razlici izmedju strukture normalnih i mutiranih proteina
a, ja sam u poslednjem postu odgovorila na tvoj citat mog posta, a ne njemu
sto se tice pulovanih proteina, never mind, cim ne znas na sta mislim, znaci da sa takvim uzorcima proteina ne radis, te mi ni ne mozes pomoci
 
fantom piroman:
E sada me nesto zanima- cesto se kazu da su globularni proteini u stvari proteini loptastog oblika. Medjutim ja u tom obliku vidim sve sem lopte. Kakve to veze sada ima? I po cemu se razlikuju od fibrilnih proteina?
Kliknite za proširenje...


malavelika:
on nije ni pitao o razlici izmedju strukture normalnih i mutiranih proteina
Kliknite za proširenje...

tacno tako...on je pitao o strukturi normalnih proteina, a tvoj odgovor sinukleinu govori o patoloskom stanju proteinskih agregata (neprirodnog stanja) koji nastaje ili zbog mutacija ili zbog drugih uzroka i samim tim ne predstavlja dobar primjer...prema tome ne vidim razlog zbog cega ovolika diskusija o tome...

malavelika:
a, ja sam u poslednjem postu odgovorila na tvoj citat mog posta, a ne njemu
Kliknite za proširenje...

...pa i ja sam odgovorio na tvoj post...ali sam dao objasnjenje da amiloidni fibrili nemaju nikakve veze sa prvim pitanjem na ovoj temi

malavelika:
sto se tice pulovanih proteina, never mind, cim ne znas na sta mislim, znaci da sa takvim uzorcima proteina ne radis, te mi ni ne mozes pomoci
Kliknite za proširenje...

:super:
bar se nadam da ce ti softver pomoci...
 
Poslednja izmena:
chuck.eu:
link: Otkriven gen koji omogućava dug život
Kliknite za proširenje...

Blic nastavlja tradiciju izveštavanja o nauci sa stanovišta potpunog nepoznavanja iste.

U članku se priča o telomerazi, koja je poznata već decenijama. Takođe je decenijama poznato da se povećanjem nivoa telomeraze može povećati i životni vek. Jedan mali problem je to što ovo takođe izaziva strahovito povećanje verovatnoće za razvoj raka - većina rakova ima tzv. konstitutivno aktivnu telomerazu.

Dakle, cela ova vest se u stvari svodi na "još jednom je potvrđeno, po sto trideseti put, da telomeraza utiče na dugovečnost".
 
Prijavite se ili registrujte da biste poslali poruku.

Back
Top