По нашем мишљењу, догађаји око сукоба Охридске архиепископије и српске цркве текли су овако. Архиепископ Прохор је доласком на престо предузео да среди стање у својој архиепископији. Он је од цариградске патријаршије затражио помоћ.
Цариградски патријарх Јеремија, којем је то било друго патријарховање (1523 – 1537), изашао је у сусрет Прохору да среди стање у својој архиепископији. Јеремија се обратио александријском патријарху да подржи Прохора. На основу посланице александријског патријарха, сазван је сабор у Охриду 1528. или 1529. године (можда баш 25. јуна 1529. године). Сабор је осудио смутњу и неред у архиепископији. И рад Павла, поглавара смедеревске цркве, био је вероватно на дневном реду, иако у званичном акту није споменут. Сабор је био повод за заоштравање односа између охридске и смедеревске цркве. Дотада нерегулисани односи међу њима почели су се решавати. Поглавар смедеревске цркве хтео је повратити српској цркви стару територију, а архиепископ Прохор је хтео успоставити још старије границе Охридске архиепископије које би обухватиле и смедеревску цркву.
Павле је успео да отцепи Пећ и неке друге епархије од Охридске архиепископије и после добијања сагласности од свих патријараха, Павле се прогласио патријархом с тиме што је прво био проглашен архиепископом
Из тога би се могло закључити да је прво Павле изабран за архиепископа смедеревске цркве, да је започео енергичну акцију за успостављање српске патријаршије у старом обиму, да се домогао Пећи и прогласио патријархом.
То је била, очигледно, обнова Пећке патријаршије. Тако је српска црква у прво време добила спор и то уз сагласност турских власти.
Смедеревска црква је морала имати упоришта код локалних турских власти у смедеревском санџаку. Српска црква северној Србији је економски добро стајала. Северна Србија је у то време имала доста Срба спахија, кнезова, војничких старешина, а било је нешто Срба грађана.
Поглавар Смедеревске цркве је могао прибавити новчана средства да исходи обнављање Пећке патријаршије. Положај северне Србије и народа у њој у оквиру Османске Империје није тада био непогодан за акцију смедеревске цркве. Било је то време турских похода преко Саве и Дунава, време колонизације освојених крајева у Срему и источној Славонији, а народ у северној Србији и Срби војници и њихове старешине имали су важну улогу у томе.
Да је Пећка патријаршија обновљена уз сагласност турских власти види се и по томе што је Павле успео да Прохора стрпа у тамницу, као што то у акту анатеме вели сам Прохор. Јасно је да Павле није могао то спровести само као акт самовољног насиља. Таква Павлова силовитост је изазвала реакцију код оног српског свештенства које је било уз охридског архиепископа. Прохор се успео избавити из тамнице. Он је отпутовао у Цариград и затражио помоћ од патријарха Јеремије.
Цариградски патријарх је стао на страну Прохора и издао посланицу којом осуђује обнављање Пећке патријаршије и анатемише Павла и свакога ко би на томе радио. У овим посланицама из 1530. године се говори први пут о томе да српска
црква у целини треба да припадне Охридској архиепископији. Старија документа, прва посланица александријског патријарха и акт који се односи на први сабор у Охриду, не говоре о томе. Тек после Павлова посезања за патријаршијском столицом у Пећи и оштрог сукоба између Павла и Прохора, после Прохорова страдања, поставила, је охридска црква свој захтев за припајање смедеревске цркве, позивајући се на повеље византијских царева. У томе је Прохор добио подршку цариградског патријарха, што се несумњиво може утврдити из извора, и александријског патријарха, у што се донекле може сумњати.
Сагласност патријараха није била довољна да се реши спор између охридске и смедеревске цркве. Требало је исходити да султан укине српску цркву, да нареди да се припоји охридској. То је Прохор постигао уз помоћ цариградског патријарха, а овај вероватно уз помоћ великог везира Ибрахим-паше, пореклом Грка. Добијен је царски ферман којим се наређује да се сазове црквени сабор.
Сабор који је одржан 13. марта 1532. године је осудио и проклео Павла и зворничког епископа Теофана. Према анатеми коју је написао Прохор, проклео је још и Неофита Лесковског и Пахомија Кратовског. Павле је присуствовао сабору и покајнички се држао. Тиме је коначно постигнуто црквено уједињење македонских и српских епархија, чему је тежила Охридска архиепископија, везујући се за традицију из оног времена када је она била призната од византијског цара. Ни Охридска архиепископија није могла спровести стварно припајање смедеревске цркве.
Да се стварно припајање неких српских епархија није могло остварити, види се по једном изразитом примеру. Године 1531. се у једном запису спомиње херцеговачки митрополит Марко. На саборском акту из 1532.године, међутим, као херцеговачки митрополит је потписан Максим. Али је 1534. године осветио антимис опет херцеговачки митрополит Марко.
То показује да је Марко уклоњен од стране Прохора и да је на његово место постављен Максим, али да је упркос томе стварно остао Марко митрополит херцеговачки. Уосталом, новобрдски митрополит Никанор у запису из 1534 – 35. године каже да раскол који је започео Павле још увек траје. Међутим, Павле после 1532. године, тј. после другог сабора у Охриду, није био на челу борбе српског свештенства, јер није био ни на челу смедеревске цркве. Већ августа 1532. године, само неколико месеци после другог сабора у Охриду, спомиње се архиепископ Василије. После 1532. године Павле се налази ван земље. Он по страним земљама моли милостињу као страдалник. Он се тамо представља као старешина српске цркве; тужи се на турске зулуме које је претрпео. Разумљиво је да се он тужи на турске зулуме, а да не каже да је збачен од охридског сабора и да је уклоњен од својих.
Да је српска црква успевала да одржи своју стварну самосталност показује то што се 1543. године спомиње архиепископ Јосиф у запису који је направљен на једној књизи која је преписана у Студеници. То показује, као и Сопоћански поменик,
или да су поједини делови свештенства одступали од става који је заузела у сукобу Рашка епархија, или да се читава епархија у том погледу колебала.
Поглавари српске цркве пре 1532. године, као архиепископ Јован и митрополит Марко, били су старешине оног дела српске цркве који није био подвргнут Охридској архиепископији, а који је био званично признат од стране Турака као самостална црква. Архиепископ Павле је чак успео да буде врло кратко време признат као поглавар обновљене Пећке патријаршије. Василије, Теодосије, Теофан и Јосиф били су по традицији изабрани поглавари српске цркве која је званично била подвласна Охридској архиепископији, а стварно се одржала као самостална.
У исто време, као и раније, охридски архиепископ је имао стварну власт над неким јужним епархијама бивше Пећке патријаршије. Архиепископ Прохор је обилазио те епархије и трудио се да се у њима развије словенска писменост, продужавајући црквену политику коју је започео. Настојање да се задовољи српско свештенство представља свакако и долазак рашког митрополита Симеона на столицу охридског архиепископа после Прохорове смрти (1550). Али је он уклоњен са положаја након пола године.
Уклањање Симеона са положаја охридског архиепископа морало је још више заоштрити одбојни став српског свештенства према Охридској архиепископији. Вероватно је због тога ускоро дошао за охридског архиепископа опет епископ из српских епархија. Пред обнављање Пећке патријаршије био је охридски архиепископ Никанор, који је умро 1557.године.
То што је он уписан у поменику и Општем листу пећке цркве биће да је због тога што је представљао словенски курс, јер је осим њега уписан још само Прохор од охридских архиепископа, а у Поменику лесновског манастира уписан је поред Прохора још само Доротеј, који је такође заступао словенски курс. Можда је архиепископ Никанор бивши новобрдски митрополит Никанор, који је раније био радник на српској књизи, оснивач штампарије у Грачаници.
Ускоро је дошло до обнављања Пећке патријаршије под Макаријем Соколовићем (1557), до другог њеног обнављања, које ће донети трајно решење сукоба између охридске и српске цркве. Епархије северне Македоније припале су Пећкој патријаршији.
Кад је утврђено да је постојала смедеревска црква од 1459. до 1557.године, до 1532. чак ни званично неприпојена Охридској архиепископији, онда постаје разумљивији акт обнављања Пећке патријаршије. Испред њега се налази борба српског свештенства и смедеревске цркве за обнављање Пећке патријаршије.
На крају, споменимо и да не треба у потпуности одбацити ни претпоставку епископа Илариона да је српска црква, премда потчињена Охридској архиепископији, задржала високи степен аутономије што је, како смо већ навели, било могуће по митрополијском уређењу византијске цркве, тј. Цариградске патријаршије.
