27. септембра 1941, Хајдрих је постављен за заменика Рајх протектора Бохемије и Моравске (део Чехословачке који је припојен Рајху 15. марта 1939) и преузео је контролу над овом територијом. Рајх протектор Константин фон Нојрат је званично остао на власти, али је послат на „одсуство“ јер су Хитлер, Химлер и Хајдрих сматрали да његов „меки приступ“ према Чесима појачава антинемачка осећања и охрабрује антинемачки отпор путем штрајкова и саботажа.[61] По ступању на дужност, Хајдрих је рекао својим сарадницима како „ћемо германизовати чешки шљам.“[62]
Хајдрих је дошао у Праг да спроводи политику, сузбије отпор нацистичком режиму, и одржи производне квоте чешке индустрије мотора и оружја, које су биле „екстремно важне за немачки ратни напор“.[61] Видео је ову област као бедем Немачке и осуђивао је чешки покрет отпора као „нож у леђа“. Како би спровео своје циљеве, Хајдрих је захтевао расну класификацију на оне који могу и на оне који не могу бити германизовани. Објаснио је, „... претварање овог чешког ђубрета у Немце морају да прате методе засноване на расистичкој мисли“.[63] Хајдрих је започео своју владавину терорисањем становништва: 92 је убијено у току прва три дана од његовог доласка у Праг. Њихова имена су штампана на постерима који су лепљени широм окупиране области.[64] Готово сви канали кроз које су Чеси могли да испољавају чешку културу су били затворени.[63] По Хајдриховим проценама, између 4.000 и 5.000 људи је ухапшено до фебруара 1942. Они који нису убијени су послати у Концентрациони логор Маутхаузен-Гусен, где је само четири посто чешких логораша доживело крај рата.[64] У марту 1942, даље акције против чешких културних и патриотских организација, војске и интелигенције су довеле до практичне парализе чешког покрета отпора. Иако су мале дезорганизоване ћелије Централног руководства домовинског отпора (УВОД) преживеле, само је комунистички покрет отпора успевао да делује координисано (мада је и овај покрет трпео због хапшења).[64] Терор је такође служио да паралише отпор у друштву, помоћу свеопште репресије против сваке акције отпора немачкој владавини.[64] Хајдрихова брутална политика у ово доба му је брзо донела надимак „Прашки касапин“[65]
Као вршилац дужности Рајх протектора Бохемије и Моравске, Хајдрих је примењивао методе „штапа и шаргарепе“.[66] Рад је организован на основама Немачког радничког фронта. Хајдрих је користио опрему конфисковану од чешког Соколског друштва да организује догађаје за раднике.[67] Дистрибуирана су следовања хране и бесплатне ципеле, пензије су повећане, и (неко време) су уведене нерадне суботе. По први пут је уведено осигурање за незапослене.[66] Сиво тржиште је сузбијено. Они који су били повезани са сивим тржиштем или покретом отпора су мучени или убијани. Хајдрих их је називао „економским криминалцима“ и „непријатељима народа“, што му је помогло да стекне подршку. Услови у Прагу и другим деловима Чешке су били релативно мирни за време Хајдриха, и индустријска производња се повећала.[66]