Оптужница против Алије је поднета 1996 године
Оригинална оптужница која је подигнута 16. децембар. 1996. год. враћена је из Трибунала у Хагу уз образложење главног тужиоца Луиз Арбур да не садржи довољно доказа за сумње да је Алија Изетбеговић починио тешко кршење међународног хуманитарног права. Бироу Владе Републике Српске за односе с Међународним кривичним судом у Хагу Републичко јавно тужилаштво доставило је 2. новембар. 2001. год. проширену отужницу против Алије Изетбеговића, који је у вријеме рата у БиХ обављао функцију предсједника Предсједништва БиХ. Биро Владе Републике Српске за односе с Међународнм кривичним судом у Хагу прослиједило је 8. новембар. 2001. год. проширену оптужницу против Алије Изетбеговића Међународном кривичном суду у Хагу. Оптужница терети Алију Изетбеговића за геноцид, ратне злочине над цивилним становништвом и заробљеницима и уништавање културних и историјских споменика. Уз оптужницу Трибуналу у Хагу достављени су докази: 300 кривичних пријава, 350 изјава свједока саслушаних пред судовима Републике Српске, 1000 изјава датих органима унутрашњих послова Републике Српске, 16 видео и 9 аудио записа, 800 свједочења цивила - инвалида страдалих од граната или снајпера и други доказни материјал.
8. новембар. 2001 год. у Бироу Владе Републике Српске за односе с Међународним кривичним судом за ратне злочине у Хагу одржана је конференција за новинаре, коју су поводом достављања проширене оптужнице против Алије Изетбеговића Међународном кривичном суду у Хагу одржали премијер Републике Српске Младен Иванић, министар правде Владе Републике Серпске Биљана Марић, савјетник премијера Републике Серпске за односе с Трибуналом Синиша Ђорђевић и јавни тужилац Републике Српске Војислав Димитријевић. Образлажући оптужницу, јавни тужилац Републике Српске Војислав Димитријевић је рекао да су геноцид, ратни злочини над цивилима и заробљеницима и разарање културних и историјских споменика за које се Алија Изетбеговић терети извршени у периоду од 1. мај. 1992. до 14. децембар. 1995. год. када је Алија Изетбеговић био предсједник Предсједништва БиХ. "Осим што је био предсједник предсједништва Алија Изетбеговић је од "зелених беретки" и других паравојних формација и муџахедина организовао муслиманска Армију БиХ и имао реалну власт над својим јединицама" рекао је јавни тужилац Републике Српске Војислав Димитријевић. Алији Изетбеговићу се на терет стављају зличини које је починила муслиманску Армија БиХ која је, у градовима и насељима које је контролисала вршила систематско убијање, злостављање и тјерање цивила на присилни рад, у чему су предњачили добровољци из Авганистана, Судана, Алжира и Египта. Јединице муслиманске Армије БиХ поступале су супротно женевским конвенцијама из 1949. год., у чему је предњачила Седма муслиманска брдска бригада Терећег корпуса муслиманске Армије БиХ, састављена искључиво од муџахедина. Почасни командант те бригаде био је Алија Изетбеговић. На територији под контролом муслиманске Армије БиХ, на око 400 локација били су организовани логори за цивилно становништво. Само на подручју Сарајева било их је 80. Најпознатији логори су били Силос, Централни затвор, Мусала, Касарна "Виктор Бубањ", Челебићи. Оптужница терети Алију Изетбеговића и за систематско уништавање објеката Српске православне цркве. "Током рата јединице Армије БиХ порушиле су око 200 таквих објеката, што се не може оправдати ратним дејствима". "Ово је оптужница против једног човјека, а не против народа. Оптужен је човјек који је током рата у БиХ обављао значајну функцију, знао за злочине, а није учинио ништа да се они спријече" рекао је Премијер Републике Српске Младен Иванић.
