Током Другог светског рата отац Јустин делио је судбину српског народа и Српске Цркве: живео је по скривеним српским манастирима преводећи патристичке и хагиографске списе и бавећи се егзегезом Новога завета. Учествовао је у писању Меморандума Српске Цркве о страдању Срба у злогласној НДХ. Како Универзитет у Београду за време немачке окупације није радио, него су од 1942. године само обављани испити, иако је професорска комисија била изабрала професора Јустина Поповића да обавља испите, немачке власти су дуго одбијале да му то одобре. Чувена су његова предавања о Светосављу у Београду током 1944. године, држана српској школској омладини и студентима у поробљеној Србији. Негде пред Светог Саву 1944. године, када је вођа српског устанка против окупатора и злотвора Немаца, усташа и комуниста, ђенерал Југословенске краљевске војске у Отаџбини, Драгољуб Михаиловић, држао свој Свесрпски светосавски конгрес у селу Ба под Сувобором, затражено је од Дражиног Равногорског савета да др Јустин Поповић, као најкомпетентнији српски теолог, да своје писмено мишљење о односима Цркве и државе, какви би требало да буду у новој српској држави после ослобођења. Јустин је написао и доставио на Равну Гору један текст који представља изразито православно, светоотачко виђење односа Цркве и државе.
По доласку нове комунистичке власти у Југославију, 1945. године, Јустин је прогнан са Београдског Универзитета (заједно са још 200 српских професора), а затим је и ухапшен и затворен. Ухапшен је у манастиру Сукову код Пирота и спроведен у београдски затвор, заједно са својим духовним чедом, јеромонахом Василијем (Костићем), који ће касније, као Владика Бањалучки, бити прогањан, а као Епископ Жички још једном бити у комунистичком затвору. Из затвора су о. Јустин и о. Василије спашени доласком у то време (новембра 1946) из изгнанства Патријарха Српског Гаврила (Дожића). Замало стрељан као „народни непријатељ", проф. Јустин Поповић протеран је из Београда, без пензије, лишен људских, верских и грађанских права. Мењао је манастире у којима је боравио (Каленић, Овчар, Суково, Раваница), али ниједна обитељ није смела дуже да га задржи.
По промислу Божијем, међутим, у једном сусрету у Београду у пролеће 1948. године, тадашња игуманија светоћелијска, мудра и одважна мати Сара, позвала је оца Јустина у женски манастир Ћелије код Ваљева, где он живи практично у кућном притвору од 27. маја 1948...
... радећи на својим списима и преводима, служећи свакодневно Божанску литургију, и као предани духовник монахињама и свем побожном свету, као учитељ и узор бројним нараштајима православних српских и страних богослова, као „скривена савест целе Српске Православне Цркве и народа" (по речима грчког теолога и академика Јована Кармириса).
Непрестано је праћен, често ислеђиван у Удби, ограничавана му је слобода кретања и сусрета, али никада није био остављен од ћелијског сестринства које је због и ради њега страдало од богоборних комунистичких власти.
Ретко који часопис после Другог светског рата, иначе малобројне црквене периодике под комунистичком окупацијом, усудио се да штампа који текст о. Јустина, тако да после 1945. године бележимо тек четири текста објављена у отаџбини, један у „Православном мисионару" (1958), два у „Гласу Православне Епархије Нишке" (1968, 1969), и четврти у „Православљу" (1969). Томе придодајемо и два објављена у емиграцији, у „Американском србобрану" (1969) у Питсбургу у Америци и у „Календару Свечаник" у Минхену (1970).
Нарочито је запажена духовничка делатност оца Јустина и његово живо и плодотворно општење са православном браћом Русима и Грцима. Руски духовници су му били исповедници, са руским избеглицама код нас дружио се доживотно, а грчке посетиоце дочекивао је као долазнике из апостолских и светоотачких времена и крајева. Као човек и духовник отац Јустин је иначе увек био отворен, пун љубави за свако људско биће, поготову за искрено тражећу и жедну истине интелигенцију, а особито за омладину и студенте. Много је живих сведочења да су његова вера и ватрена оданост Христу и Истини, дубока ученост и мудрост, проницљивост и богоречитост извршили пресудни утицај на опредељење многих за монашки живот. Зато је и пре и после рата духовно одгајио и у епископску службу упутио десетину својих ученика, а у свештеничку службу и монашки подвиг на стотине и хиљаде младих душа.
На сваком богослужењу молио се са обилним сузама. Често се на молитви у цркви толико расплакао, да се понекад и загрцнуо, што су сви присутни у храму примећивали, мада је он настојао да тај дар суза прикрива. Спомињао је на Светим Литургијама на стотине имена која су му пошиљана, лично или писмима, од људи са многих страна, који су га молили да се моли за живе и упокојене сроднике и познанике. Уз ова имена људи су често давали или слали новац, па је то био један од извора прихода за манастир Ћелије, а и за његове личне трошкове, који су углавном ишли на путовање и набавку папира за писање и куцање многобројних радова, насталих у том ћелијском периоду живота и рада овог неуморног Подвижника, Мислиоца, Богослова и Духовника, у српској хришћанској хиљадугодишњици свакако једнога од највећих.
Јустин никада није могао бити враћен на Универзитет, на своју катедру Догматике, али су код њега тајно долазили многи универзитетски професори, не само теолози, него и са других факултета, нарочито лекари и психолози, а још чешће поједини песници и књижевници на разговоре и савете. (Један од писаца и песника, адвокат Милан Д. Милетић, недавно је објавио предивну мању књигу личних „сведочења о Светом Ави Јустину", под карактеристичним насловом „Заљубљен у Христа", Београд, 2002). Поготову му је долазила студентска омладина, која се интересовала личним и општељудским животним проблемима савремености. Зато је имао и стицао све већи број ученика. Имао је доста пријатеља по Европи и Америци, који су га тајно снабдевали оном најважнијом новом теолошком и философском литературом, тако да је био сасвим упућен у токове савременог западног света и посебно западног хришћанства. Није остајао ни ван проблематике савременог екуменизма, па је као плод тог његовог интересовања настала књига „Православна Црква и екуменизам" (изашла на српском и грчком, у Солуну 1974; затим на руском и румунском).
Упокојио се у Господу у дан свога рођења, лицем на Благовести 1979. године.
Испраћен је свенародно од мноштва српског свештенства и народа и од већег броја православних, Грка, Руса, Француза, јер је од многих њих, а нарочито од светогорских монаха, још за живота сматран за светитеља. До данас већ има преко десет икона са његовим светим ликом, у Србији, Грчкој, Француској, Америци, а светогорски монаси и други православци написали су му и тропар, кондак и друге делове Службе.
Његов гроб крај манастирске цркве у Ћелијама постао је место поклоништва за многе побожне душе, за православне широм Балкана, Европе и Америке. Благодатна препорођајна чуда на његовом гробу и по његовим молитвама већ су забележена, а очекује се и његово скоро свечано уношење у календар Светих Српске и васцеле Православне Саборне Цркве.
Целокупни опус оца Јустина обухвата око 40 томова, а од тога је до сада објављено на српском око 30, на грчком 4, 7 томова на француском и 1 на енглеском језику.
Бројни теолошки радови аве Јустина, осим догматике и егзегетике, обухватају области патристике, аскетике, литургике, као и теме из хришћанске философије и посебно из православне антропологије и на православљу засноване философије културе.
„Човек и Богочовек", наслов је који би могао бити карактеристичан и за сво његово богословље, јер у те две теме, или још тачније и Јустину верније: у тој двојединој теми БОГО—ЧОВЕКА обухваћена је сва Јустинова богословска мисао и животна философија, и више од тога: сва његова дубока и сложена личност, павловских и достојевсковских димензија. То је уједно и свеживотна Јустинова мисија мученика људског бића и мисли, Пророка и Благовесника у нашем веку и нашем народу, а она се састоји у крсном, тужнорадосном, распето—васкрсном сведочењу о Богу и Човеку, сусретнутим и сједињеним, без сливања, умањења и губљења, у Христу Богочовеку, вечном Божанском Логосу и Творцу, али и Спаситељу и Осмислитељу човека и рода људскога и свега света.
Благовесник ћелијски је истицао како је сваки хришћанин дужан да својим животом „исписује и даље Еванђеље Христово". Сходно том ставу и апостолској препоруци, његов живот је уистину био једно „живо савремено Еванђеље Христово". Уопште треба рећи и нагласити да је Преподобни Јустин Нови Ћелијски био и остао ретка, светоотачка појава у нашем двадесетом веку, скривена али неумитна савест Српске Светосавске Цркве и читавог јеванђелског, апостолско—светоотачког Православља у свету. То су му признавали још за земног живота, а после блаженог престављења његов углед и утицај све више расте, бар код оних који имају очи да виде и уши да чују, како вели Јеванђеље.
Скривајући дар прозорљивости, о. Јустин непогрешиво је поучавао, о чему најречитије сведочи следећи пример: када га је отац Клеопа посетио у манастиру Ћелије, и затражио тајински савет да ли да остане на Светој Гори, отац Јустин га је посаветовао: „Оче Клеопа, ако одеш на Свету Гору, придодаћеш још један цвет у Врту Богомајке. Али коме ћеш оставити вернике? Тамо се, Свети оче, молиш само за себе. А у земљи се молиш за све и можеш привести Богу много душа лишених поучитеља... Ја велим да останеш у земљи, Свети оче, да спасеш и себе и да помогнеш спасењу других. То је највеће добро дело садашњих монаха. Особито сада, када се боримо с безверјем, са сектама, са религијским индиферентизмом!"
svaka cast Padre.Lepo od tebe.
Justin je duhovni otac Vladici Artemiju .
