Манастир Лешје се, изгледа, последњи пут спомиње у турским попису из 1536. године, а већ у наредном турском попису, обављеном око 1570. године се не спомиње, на основу чега се може закључити да је до тада већ запустео. Народно предање говори да су последњи лешјански калуђери, заједно са хришћанима окупљеним око манастира, мученички пострадали побијени од Турака, који су након тог покоља и разорили манастир.
Археолошка истраживања на архитектури цркве, као и на о средњовековној некрополи око ње, поуздану су потврдила да је реч о култном месту са траговима живота још од XII века. Проучавања архитектуре Лешја показала су да се испод темеља цркве триконхосне основе налазе старији темељи .
Мада није сасвим поуздано потврђено из ког периода потичу материјални остаци цркава и Лешју, чињеница су да је светиња у Лешју веома стара. Несумњиво је на истом месту постоје материјални трагови више од једне цркве које потичу из средњег века, чиме се и овде потврђује распрострањена тежња да се испоштује континуитет затеченог култног места тиме што се цркве подижу на остацима старијих храмова.
Темеље (до висине 0,5 m) Богородичине цркве триконхосне тј. тролисне основе откопао је, према једном чудесном виђењу, 1923. године сељак Живан Марковић (1880-1972.) из Лешја, са помоћницима. На темељу старе цркве, у олтарском делу, Живан тада подиже црквицу врло скромних димензија, „на три дирека“, грађену каменом и покривену лимом.
Приликом последње обнове започете 2004. године, ова црква скромних димензија је сасвим уклоњена, а нови храм је саграђен на знатно обимнијим, донекле сачуваним, средњевековним темељима триконхосног облика уз извесна одступања од тог плана (рецимо, додата је припрата коју лешјански храм није имао у средњем веку ...). Још увек су у току радови на довршењу храма.
У току су и радови на ревитализацији куле с јужне стране цркве, коју су мештани назвали по барјактару кнеза Лазара, Орловићу Павлу, кула Орловића Павла. На њој је смештена манастирска звонара, а у приземљу се налази простор за прислуживање свећа. Кула - звоник је подигнута на масивним средњовековним остацима квадратне куле од притесаног камена, који су сачувани до висине од 1,80 m. На звонари се данас налазе 9 звона руске ливнице „Вера“ и једно изливено у Ћуприји 1990., а у плану је набавка још звона.
У нашој ризници, за сада скромној по броју светиња, мада не и по њиховој духовној вредности, налазе се: једна честица Часнога Крста Господњег, делић моштију једног од Светих 40 севастијских мученика, епитрахиљ и надбедреник Светог Јована Шангајског као и раса великог подвижника нашег времена старца Сампсона (Сиверса). Иначе, приликом освећења цркве у Часну трпезу уграђење су мошти косовског великомученика Светог кнеза Лазара.
mrzim ruse 
