Prve priče o crnogorskoj pomorskoj zastavi potiču iz 1867. godine.
Crnogorski brod "
Silistrija", privatno vlasništvo knjaza Crne Gore i Brda Nikole I. Petrovića, je plovio obalom Dalmacije i zašao u austrijske vode. Uzrok skandala koji je izbio ubrzo potom leži u činjenici da Crna Gora nije bila primorsla država, i da kao takva, nije imala pravo na pomorsku zastavu. Tu je bila i nepobitna činjenica da je Osmanlijsko carstvo osporavalo crnogorsku nezavisnost i smatralo je sastavnim dijelom svoje imperije, ali Austrija je tretirala Crnu Goru de fakto kao nezavisnu državu još od razgraničenja iz 1837. godine koje je sproveo Petar II. Petrović Njegoš.
Knjaz Nikolaj je informisao Beč da će jahta pristati u Kotor u bokokotorskom zalijevu, koji je bio dio Austrijskog carstva, i nastaviti svoj put ka italijanskoj Veneciji. Ali kada su Austrijanci čuli da će Silistrija ploviti pod predloženom pomorskom zastavom Crne Gore, strogo su se usprotivili da joj daju dozvolu za pristanište. Cetinje je poslalo delegaciju na Bečki dvor kako bi pregovarali o stvorenom problemu. Crnogorska komisija je predložila da se izloži potpuno bijela standardna pomorska zastava, kao i srpska nacionalna trobojka. Svi pregovori su prepali, jer je Beč ogdovorio da bi ikakva pomorska zastava bila tretirana kao piratska, tj. da će brod biti potopljen ukoliko pokuša da uplovi u luku Kotor. Konačno je dogovoreno da će brod moći istaknuti crnogorsku zastavu za put od Kotora do Venecije, ali isključivo u periodu od 15. juna do 7. jula 1867. godine. S obzirom na nemogućnost bržeg stizanja do svog cilja, rok je produžen do 7. avgusta 1867. godine. Crnogorski brod je bio u strahovito lošem stanju, tako da je povremeno morao pristajati uz habsburšku obalu radi snabdevanja i popravljanja, tako da je dozvola ponovno produžena do 18. septembra 1867. godine. Kako je u isto vrijeme izbila epidemija kolere u turskoj luci Bar, nije bilo bezbijedno za brodić da se vrati rijekom Bojanom, koja je upravo postala neplovljivom - jedinim putem za Crnu Goru, dozvola je produžena na neograničen period a brod je ostao u austro-ugarskim vodama. Kako je došla nova godina, vlasti Austro-Ugarske su formalno zamolile Nikolu da ukloni brod iz njihovih voda, ali mladi knjaz je zahtjev u potpunosti ignorisao. 8. marta 1868. godine brod je postao uzrok veoma velikog pogoršanja odnosa Knjaževstva Crnogorsko-brdskog i Dvojne Monarhije. Konačno, Bojana je ponovno postala plovna i brodić se vratio 23. marta 1868. godine.
Berlinskim kongresom 13. jula 1878. godine Kneževina Crna Gora je postala nezavisna država i dobila izlaz na more u Baru. Samim tim počelo se raditi i na formalnoj pomorskoj crnogorskoj zastavi. U prijelaznim periodima od 1878. do 1880. godine, jedan od mogućih predloga je bila zastava Svetog Đorđa, inspirisana britanskom mornaricom koja je bila u obližnjim vodama u vrijeme napoleonskih ratova istog vijeka.
1879. godine Nikola imenuje crnogorsku upravu pomorstva, čiji je bio cilj da dizajnira trgovačko-pomorsku zastavu. Ustanovljeno je početkom 1880. godine da je ona kopija austrijske zastave, s tim što u vrhu gore lijevo ima crnogorski krst časni. Po berlinskom kongresu, Crna Gora je morala prihvatiti pomorske zakone Dalmacije, da austro-ugarska sanitarna policija obezbjeđuje primorje i da Crna Gora ne drži ratne brodove, kao i da Bar ne smije biti utvrđivan kao trgovačka luka. Trebaće godine prije nego što se Crna Gora oslobodi bilateralnim ugovorima između dvije evropske monarhije većine ovih nameta.
Druga verzija ove zastave postoji, bez inicijala "НI" u centru krsta. Ubrzo potom, zbog njene popularnosti, trobojka je zamijenjena srpskom narodnom, a i zbog nepopularnosti ove zastave, krajem 1880. godine. Ona je takođe imala verzije bez vladarovih inicijala i sa njima u krstu.
Crnogorsku mornaricu su činili zastarjeli ulcinjski jedrenjaci. I vlasnici brodova i posada su bili Muhamedanci, a oni su nalazili krst uvredljivim po njihovu vjeru, tako da je početkom 1881. godine pomorska crnogorska zastava ponovno izmijenjena, tako da naliči vladarskoj standarti više. Krst je uklonjen, dodati su Nikolini inicijali u centar zastave, kao i kruna iznad njih, koja je bila orijentalnog stila.
1916. godine prestaje se upotrebljavati crnogorska pomorska zastava, tako se i tu ova pričica završava.
