tokom srednjeg veka,odabrana grupa ljudi poznata kao alhemičari pokušala je da prorekne tajne osobine zlata. Neki ciljevi alhemičara bili su čisto teoretski: tražili su način pretvaranja osnovnih metala u zlato i stvaranja lekova koji bi darovali besmrtnost onima koji ih koriste. U nameri da otkriju te tajne,alhemičari su verovali da moraju očuvati čistotu duha da bi postigli uspešnu uzajamnost sa čistotom zlata. Nema sumnje da su određeni alhemičari tu praksu smatrali naukom ali je široko viđena kao mistična veština.
U Evropi je osnova za alhemijsku metodologiju došla od Aristotelove teorije da su četiri prirodna elementa,tj zemlja,vazduh,vatra i voda bila graditeljski blokovi svega u prirodnom svetu. Tačna mešavina ta četiri elementa može proizvesti zlato,za koje se verovalo da poseduje savršenu kombinaciju ta četiri elementa. Smatralo se da ako se ''nepotpuni'' metal,poput olova, može transformisati da zadrži idealan balans elemenata,na taj način može stvoriti zlato. U nameri da izmene osobine materije alhemisti su zagrevali i rastvarali,topili i isparavali supstance,u procesu sticanja praktičnog iskustva koje će na kraju formirati osnovu nauke hemije.
Alhemisti su pretpostavljali postojanje supstance zvane ''kamen mudrosti'' za koju se mislilo da ima moć da transformiše osnovne metale u zlato,kao i da povrati mladost i vitalnost. Pronalaženje kamena mudrosti postalo je primarni cilj istraživanja i eksperimentisanja mnogih alhemičara.
Alhemija nije bila nova veština u srednjem veku; praktikovana je u brojnim drevnim kulturama pre nego što se njome bavilo srednjovekovno društvo. Jedan poznati arapski alhemičar,Jabir ibn Hajan,sastavio je alhemičarska dela koja pokrivaju fizički sastav određenih metala i kako stvoriti eliksire putem destilacije. Arapski filozof iz XI-og veka Ibn Sima predložio je teoriju da se ''nečisti'' metali nikada ne mogu pretvoriti u zlato dok se ne razlože na sitnije komponente.
Nakon krstaških ratova,arapski alhemijski tekstovi prevedeni su na Evropske jezike,i alhemija stiče popularnost ne samo među običnim stanovništvom i naučnicima već i među crkvom. Tokom XIII-og veka crkva prihvata alhemiju kao nauku i dozvoljava Tomi Akvitanskom da je prouči. Poznati naučnici poput Alberta Velikog i Rodžera Bejkona pišu alhemijske radove. Ipak,alhemisti nikada nisu izgubili pogled na svoje ciljeve: stvaranje zlata i otkrivanje magičnih eliksira.
Postoji nekoliko lažnih uspešnih priča – poput one o Parižaninu Nikoli Flamelu (1339-1418 –e) – u koje se verovalo tokom srednjeg veka,koje su ohrabrivale alhemiste da nastave sa radom ali i privlačile nove upućenike. U XIV-om veku,crkva je osudila alhemiju zbog njene povezanosti sa astrologijom. Ipak,proučavanje alhemije se nastavilo,dok su neke od njenih teorija prihvaćene.
Na alhemiju se danas gleda kao na preteču hemije. Neki od važnih otkrića alhemista bili su alkohol u XII-om veku,a azotna kiselina,sumporna kiselina i hlorovodonična kiselina,sve poznate kao mineralne kiseline,otkrivene su u XIII-om veku.
