DNA mappning
Prikazujem rezultate 1 do 24 od 24

Tema: DNA mappning

  1. #1
    Početnik
    Učlanjen
    16.08.2006.
    Poruke
    10
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano DNA mappning

    Potrebna mi je pomoc pri DNA mappning kada koristimo Restriction Enzymes pa ako ima neko vremena i volje bio bih puno zahvalan na objasnjenju. Ovo je najlaksi zadatak koji sam dobio pa ako njega ne uspem da shvatim tesko da cu uraditi ove malo teze, hocu da kazem potrebno mi je detaljno objasnjenje.
    Velicina fragmenta je 4.3kb i insertiramo vektor (cDNA) cija je velicina 3kb. Enzime koje smo koristili je Eco RI, PstI i Xhol.
    Njihovom kombinacijom dobijemo:



    E: 4.3 + 3
    E+P: 3+2.6+1.7
    X: 4.6+2.7
    P+X: 3+1.7+1.6+1

    Ja trebam sada uz pomoc ovih rezultata da nacrtam na kojoj strani ce Eco RI da sece? Dobio sam informaciju da ce Eco RI seci na dve strane od vektora, al kako su ljudi dosli do tog resenja? Nista ne razumem

    Gde ce PstI i Xhol seci ( na kojim stranama)? Da li u polylinku ili fragmentu? Koje je rastojanje izmedju svih ovih enzima?

    Unapred puno zahvalan!



  2. #2
    Početnik
    Učlanjen
    17.08.2006.
    Poruke
    13
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Cao!
    Pokusacu da ti pomognem mada mislim da nisi potpuno jasno opisao problem. Taj insert je cDNA, a vektor je vektor. U slucaju da je insert (4,3 kb) umetnut u vektor (3kb) tako sto su obe DNA prethodno isecene sa ERI pa ...ne znam kako da se izrazim na srpskom-izvini..."ligated", onda ce check digest sa ERI dati dva fragnenta od 4,3 sto je insert i 3 sto je vector. PstI sece u insertu i to na "poziciji" 1,7....znaci kad koristis oba enzima ERI i PstI dobijes 1.7, 2.6 i 3.0. XhoI sece 2 puta, PstI i Xho I daju 4 fragmenta sto bi znacilo sledece: XhoI sece jednom u insertu, 1kb od mesta koje PstI sece i jos jednom.To mora da bude skroz uz ERI mesto.PstI takodje sece uz drugo ERI mesto(ti se fragmenti ne vide jer se radi o par baza)
    ...i evo, moj muz pametnjakovic dodaje da se najverovatnije radi o pBluescript II -u
    .....moze biti da ja nisam dobro protumacila problem...ispravi me ako gresim
    caos!
    Poslednji put ažurirao/la tacamaca : 17.08.2006. u 18:04

  3. #3
    Početnik
    Učlanjen
    16.08.2006.
    Poruke
    10
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Citat Original postavio tacamaca
    Cao!
    Pokusacu da ti pomognem mada mislim da nisi potpuno jasno opisao problem. Taj insert je cDNA, a vektor je vektor. U slucaju da je insert (4,3 kb) umetnut u vektor (3kb) tako sto su obe DNA prethodno isecene sa ERI pa ...ne znam kako da se izrazim na srpskom-izvini..."ligated", onda ce check digest sa ERI dati dva fragnenta od 4,3 sto je insert i 3 sto je vector. PstI sece u insertu i to na "poziciji" 1,7....znaci kad koristis oba enzima ERI i PstI dobijes 1.7, 2.6 i 3.0. XhoI sece 2 puta, PstI i Xho I daju 4 fragmenta sto bi znacilo sledece: XhoI sece jednom u insertu, 1kb od mesta koje PstI sece i jos jednom.To mora da bude skroz uz ERI mesto.PstI takodje sece uz drugo ERI mesto(ti se fragmenti ne vide jer se radi o par baza)
    ...i evo, moj muz pametnjakovic dodaje da se najverovatnije radi o pBluescript II -u
    .....moze biti da ja nisam dobro protumacila problem...ispravi me ako gresim
    caos!

    Cao tacamaca,

    Izvinjavam se sto nisam objasnio dobro, radi se o pBluescript II, i upravo je tako kao sto si ti napisala. Meni treba detaljno racunanje i trebam da nacrtam na liniji tacno gde sece koji enzim. Puno bih ti bio zahvalan na objasnjenju!

  4. #4
    Početnik
    Učlanjen
    17.08.2006.
    Poruke
    13
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Cao jos jednom!
    Rado cu ti nacrtati i poslati kako to sve izgleda.....samo ne znam kako da ti posaljem sliku preko ovog foruma. Najlakse bi bilo da ti posaljem e-mail.
    Onako, cisto iz radoznalosti....zasto ti treba ovo? Fakultet?


    tacamaca

  5. #5
    Početnik
    Učlanjen
    17.08.2006.
    Poruke
    13
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    nadam se da je sema razumljiva

  6. #6
    Početnik
    Učlanjen
    16.08.2006.
    Poruke
    10
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Cao, hvala ti na odgovoru.
    Uzimam jedan kurs iz molekularne biologije, pocinjem 7 sept. pa sam sa neta skinuo zadatke, pokusavam da iz knjige shvatim o cemu se radi. Ne znam da li je do mene al ovo nije lako Pokusacu da vidim sta si t uradila pa cu videti ako ne shavatim, vicem

  7. #7
    Elita v.v.ilic (avatar)
    Učlanjen
    28.08.2005.
    Pol
    muški
    Lokacija
    e sad sam upravo ovde, zainat nekima.
    Poruke
    23.235
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Citat Original postavio miki_m22
    ............................... i trebam da nacrtam
    Biće gadno ako padneš zbog srpskog jezika. ........:wink: .....treba da nacrtam! :wink:

  8. #8
    Elita Svabov (avatar)
    Učlanjen
    02.10.2004.
    Pol
    muški
    Poruke
    24.984
    Reputaciona moć
    320

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    trebalo bi da nacrtam
    Well, of course it's a rat! You have rats in Spain, don't you - or did Franco have them all shot?

  9. #9
    Elita v.v.ilic (avatar)
    Učlanjen
    28.08.2005.
    Pol
    muški
    Lokacija
    e sad sam upravo ovde, zainat nekima.
    Poruke
    23.235
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Ili tako..

  10. #10
    Početnik
    Učlanjen
    16.08.2006.
    Poruke
    10
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Sreca pa ne polazem srpski, mislim da nikada i necu ali ako budem sada znam na sta treba/bi trebalo da obratim paznju hehe

  11. #11
    Elita stnco (avatar)
    Učlanjen
    26.07.2006.
    Pol
    muški
    Lokacija
    prirodne nauke
    Poruke
    15.646
    Tekstova u blogu
    2
    Reputaciona moć
    280

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Vidim tacamaca da si ekspert za DNK. Ja neka elementarna znanja imam, tek toliko koliko sam mogao da napabircim usput jer mi to nije uza specijalnost. Zato bih te zamolio da mi sto jednostavnije objasnis sta su hromozomi, znas ono somatske celije coveka 46 a polne 23, pa onda XX i XY hromozomi itd. Razumecu ako odbijes. Nadam se da se miki_m22 nece ljutiti sto koristim prostor za njegovu temu zbog licne obavestenosti.

  12. #12
    Početnik
    Učlanjen
    17.08.2006.
    Poruke
    13
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    @stnco

    ....Cao! Meni je uvek drago kada nekoga zanima biologija. Pa evo da probam da objasnim sto jednostavnije:
    hromozom je deo genoma (nasa DNK) koji sadrzi veliki broj gena. Svaki hromozom se sastoji od veoma dugackog molekula DNK (i proteina). Vidljivi su tokom deobe celije.
    Sta sad to znaci dugacki molekul DNK? Npr, najmanji ljudski hromozom je dugacak, kada se skroz "razvuce" oko 14 000 mikrometara=1,4 cm. To je prilicno dugacko i "problematicno" da se smesti u jedro celije. Iz tog razloga DNK je upakovana na odredjen nacin zajedno sa proteinima. Tako da je ovaj nas hromozom od 1,4 cm u trenutku kada je, kako se to kaze, najkondenzovaniji, dugacak samo oko 2 mikrometra! ( Morala sam da konsultujem jednu pametnu knjigu da bih nasla ovaj primer. Bese davno fakultet!) E sad, kao sto ti vec rece, polne celije imaju 23 hromozoma.Jajna celija 22+X, a spermatozoidi 22+X ili 22+Y. Kada spermatozoid oplodi jajnu celiju ponovo se uspostavi onaj broj od 46 hromozoma koliko ih imamo i to: 22+X+22+X = devojcica, ili 22+ X+22+Y=decak. Znaci, kao sto vec svako zna, od tate zavisi!
    Ja se nadam da sam ti bar malo odgovirila na pitanjce!
    Ne znam sta bi te jos moglo zanimati?....

    http://learn.genetics.utah.edu/units/disorders/karyotype/

    evo, mozes mozda da bacis pogled na ovaj link!? to je prvo sto sam nasla u vezi sa hromozomima + jos neke bolesti vezane za broj hromozoma...

    pozdrav
    tm

  13. #13
    Elita stnco (avatar)
    Učlanjen
    26.07.2006.
    Pol
    muški
    Lokacija
    prirodne nauke
    Poruke
    15.646
    Tekstova u blogu
    2
    Reputaciona moć
    280

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Da li sam dobro razumeo: gen se sastoji od hiljadu i nesto parova nukleotida a u hromozomu su spakovani u jednom nizu odredjeni broj gena? To sto zovemo genom su sada svi geni koji su spakovani u 46 hromozoma, dakle u 46 posebnih "parcica" DNK koji samostalno plivaju u jedru celije. Rekla si "najmanji ljudski hromozom", pa da li to znaci da hromozomi nemaju isti broj gena (ako je moja gornja konstatacija tacna) i koliko ima taj najmanji?
    Poslednji put ažurirao/la stnco : 21.08.2006. u 19:11 Razlog: dopuna

  14. #14
    Početnik
    Učlanjen
    17.08.2006.
    Poruke
    13
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Citat Original postavio stnco
    Da li sam dobro razumeo: gen se sastoji od hiljadu i nesto parova nukleotida a u hromozomu su spakovani u jednom nizu odredjeni broj gena? To sto zovemo genom su sada svi geni koji su spakovani u 46 hromozoma, dakle u 46 posebnih "parcica" DNK koji samostalno plivaju u jedru celije. Rekla si "najmanji ljudski hromozom", pa da li to znaci da hromozomi nemaju isti broj gena (ako je moja gornja konstatacija tacna) i koliko ima taj najmanji?
    Ne. Geni su cesto jako veliki.Neki i stotine hiljada nukleotida.To ne znaci da ce se ceo taj niz "prevesti" (to se zove translacija) u protein. U genu postoje delovi koji se zovu egzoni i koji nose informacije kako ce buduci protein izgledati(delovi buduceg proteina) i introni koji se ne "prevode"( to je najjednostavnije objasnjenje,ne bih da komplikujem). Tako na primer, gen moze da izgleda:
    E1- I1-E2 , tako se i prepise sa DNA (to se zove transkripcija). Sada je nasa informacija u obliku RNA, pre m RNA (pre-informaciona RNA). Onda se I1 isece i pre m RNA se jos malo "doradi" i dobije se mRNA ( informaciona RNA) koja izgleda E1E2 i to se prevede u protein.
    Hromozomi nemaju isti broj gena. Koliko gena ima ovaj najmanji, ne znam. Pokusacu da pronadjem.
    Evo jedne stranice gde mozes jos ponesto da saznas.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/genetics_genome.html

    pozdrav
    tm

  15. #15
    Početnik
    Učlanjen
    17.08.2006.
    Poruke
    13
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Evo sad sam i ja nesto naucila: 21. hromozom, najmanji, npr. ima oko 367 gena, a 1., najveci 2776.....evo, mozes da pogledas i vidis i za ostale
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=9606

    pozdrav

  16. #16
    Elita stnco (avatar)
    Učlanjen
    26.07.2006.
    Pol
    muški
    Lokacija
    prirodne nauke
    Poruke
    15.646
    Tekstova u blogu
    2
    Reputaciona moć
    280

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Pogledacu ove linkove, ali samo jos nesto i necu vise da te mucim. Nije mi bas najjasnije ono tvoje "kao sto vec svako zna, od tate zavisi", misli se na pol deteta. Naime, posle fascinirajuceg ljubavnog kontakta, spermatozoidi zapocinju interesantan "vrcavi" ples, krecuci se prema jajnoj celiji. Svaki spermatozoid ima i X i (ili) Y hromozom i jedan izvrsi penetraciju. Kako moze da zavisi od tate da li ce doci do spoja XX ili XY? Zar to nije pre stvar slucaja ili mozda neceg drugog, jer vecina bracnih parova koje znam, a imaju dvoje dece, imaju sina i cerku? Ili ono "od tate zavisi" se odnosi na cinjenicu da on ima taj Y hromozom, a zapravo nema nikakvog uticaja na sparivanje hromozoma. Ovo se sve odnosi za slucaj normalnog ejakulata.
    P.S. Ono u zagradi zahteva odgovor jos na jedno pitanje: da li spermatozoid ima i X i Y hromozom ili se razlikuju pa neki ima kako si gore napisala 22+X a neki drugi 22+Y. Ovo normalno ne menja sustinski moje gornje pitanje.
    Poslednji put ažurirao/la stnco : 22.08.2006. u 19:42 Razlog: greska

  17. #17
    Početnik
    Učlanjen
    17.08.2006.
    Poruke
    13
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Jedan spermatozoid ima, pored ostalih, jedan X ILI Y hromozom. Od oca zavisi samo u tom smislu, genetike sto se tice. Stvar je slucaja koji ce pre sa stigne.

  18. #18
    Elita stnco (avatar)
    Učlanjen
    26.07.2006.
    Pol
    muški
    Lokacija
    prirodne nauke
    Poruke
    15.646
    Tekstova u blogu
    2
    Reputaciona moć
    280

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Odlicno, tako sam i ja mislio. E tacamaca mnogo ti hvala. Iskreno se nadam da nisam bio dosadan oko ovih, za tebe, jednostavnih stvari. Mnogo pozdrava.

  19. #19
    Početnik
    Učlanjen
    16.08.2006.
    Poruke
    10
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Cao tacamaca, ako bi mogla biti ljubazna da mi odgovoris na jos par pitanja u vezi mappninga bio bih ti puno zahvalan. Imam dva pitanja.
    1.Posto znamo da je fragment isecen sa EcoRI na dva mesta moze se predpostaviti da vektor moze da se insertira na dva nacina. Kako tu kombinaciju da resim?
    2.Koliku velicinu imaju Xhol-fragmenti i koju velicinu dobiju ako ih nacrtam u mappning-kartu koju si mi nacrtala.
    Unapred ti se zahvaljujem!
    Poz/ Miki

  20. #20
    Početnik
    Učlanjen
    17.08.2006.
    Poruke
    13
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    1.Posto znamo da je fragment isecen sa EcoRI na dva mesta moze se predpostaviti da vektor moze da se insertira na dva nacina. Kako tu kombinaciju da resim?
    2.Koliku velicinu imaju Xhol-fragmenti i koju velicinu dobiju ako ih nacrtam u mappning-kartu koju si mi nacrtala.
    Unapred ti se zahvaljujem!
    Poz/ Miki

    Cao ponovo. Insert moze da "udje u vektor" na dva nacina pogotovo ako su i vektor i insert dobijeni secenjem jednim enzimom. Evo jednog jednostavnog primera:
    1. vvvvvvvvv---ERI-----XhoI----------ERI---vvvvvvvvv
    2. vvvvvvvvv---ERI----------XhoI-----ERI---vvvvvvvvv

    ....kao slika u ogledalu...

    .....da li imamo pravu ili pogresnu orijentaciju inserta u vektoru moze da se proveri na primer kombinacijom neka dva enzima od kojih jedan sece jednom u vektoru, a drugi jednom u insertu. Kombinacija ERI/XhoI nam ne bi nista rekla jer bismo u oba slucaja dobili iste velicine fragmenata.
    Sto se tvog zadatka tice, u pravu si kada me pitas za ve licinu XhoI fragmenta....izvini - greska!
    Ta sema pokazuje bas taj slucaj pogresno orijentisanog fragmenta: na njemu je velicina XhoI fragmenta 1.6kb a ne 2.7kb


    e sad jos da zakacim novu slicicu kako treba....nadam se da je sada sve u redu
    izvini, jos jednom
    caos

  21. #21
    Početnik
    Učlanjen
    16.08.2006.
    Poruke
    10
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Cao Tacamaca,

    PUNO ti hvala, sada sam shvatio kako ovo funkcionise.
    Primi puno pozdrava

  22. #22
    Početnik
    Učlanjen
    08.09.2006.
    Poruke
    7
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Pozdrav svima!
    Imam jedno pitanje za tacamacu,ako bi mogla da mi objasnis nesto o genomu i proteomu!
    Unapred zahvalan!

  23. #23
    Početnik
    Učlanjen
    17.08.2006.
    Poruke
    13
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    Cao Jack011!

    Genom je cela "nasledna informacija" nekog organizma.Kompletna DNA. U slucaju nekih virusa-RNA. Svaka ljudska celija sadrzi ceo genom sa izuzetkom crvenih krvnih zrnaca ( nemaju jedro).
    Svi proteini u jednoj celiji cine tzv. proteom. Za razliku od genoma, proteom je promenljiv kao odgovor na brojne signale u okviru same celije i njene "okoline".

    pozdrav

  24. #24
    Početnik
    Učlanjen
    08.09.2006.
    Poruke
    7
    Reputaciona moć
    0

    Podrazumevano Re: DNA mappning

    hvala ali bi mi koristilo malo opsirnije o njima, ili neki koristan sajt gde bi mogao da nadjem o njima

Pravila za slanje poruka

  • Ne možete kreirati novu temu
  • Ne možete poslati odgovor
  • Ne možete dodati priloge
  • Ne možete prepraviti svoju poruku
  •