Њутна су нарочито занимала библијска пророчанства, и проучавао је све с тим повезане материјале до којих је могао доћи - били они писани
на грчком, арамејском, латинском или хебрејском језику.
Направио је дуг списак могућих тумачења. Нарочито га је занимао однос између библијских пророчанстава и историје, и пре своје смрти припремио је рукопис о тумачењу историјских датума.
Тај рукопис је објављен после његове смрти под насловом " Исправљене хронологије древних краљевстава " .
Нарочито су му биле занимљиве две првенствено пророчке књиге Библије, наиме Књига пророка Данила и Откривење.
Проучавајући их, користио је исти аналитички приступ као и у проучавању природе.
Сачинио је и серију од петнаест “ Правила
за тумачење речи и језика у Библији”.
Тумачио је пророчанства у те две различите књиге као откривење светске историје, и многа садашња
тумачења тих библијскх књига слична су Њутновим. Неколико година после његове смрти његове студије објављене су као књига:
Опсервације о пророчанствима Данила и Откривења св. Јована) .
Писао је и о Христовом животу и другим религијским темама, некад испољавајући велику независност у свом теолошком размишљању.
Веровао је у оно што и Библија каже, да сви народи потичу од Ноја и да је Бог створио све ствари онако како то Он каже у својих Десет заповести.
Њутну је проучавање Божје природе и проучавање Божјег Светог Писма било део огромне жеље да упозна Бога.
Ореол религијског жара који се створио око Њутна донео му је многе поштоваоце.
Један чувени Француз покушао је да развије нову Религију Њутнове цркве. Други Француз је озбиљно критиковао Енглеску што не поштује довољно Њутнову божанственост.
Он је тражио и да се календар ревидира и почне са датумом Њутновог ро|ења, и да се изгради црква на месту где се Њутн родио.2 Математичар који је био рођен у швајцарској, Фатио де Дује ( Дуллиер ) , био је добар Њутнов пријатељ, и једно његово писмо одражава Њутнову духовну дубину и утицај.
Фатио се разболео и није очекиво да преживи. Пишући Њутну своје можда последње писмо, он каже, “
Захваљујем Богу што ми је душа сасвим мирна, у чему си ти имао главну улогу. " За Њутна, Бог није био обичан концепт. Осећао је према Њему дубоко поштовање, говорећи да “
То Биће влада целим светом, као Господар над свим; ... Свевишњи Бог је Биће вечно, бескрајно, апсолутно савршено. ” За њега је Бог био и врло лично биће, које нас воли и кога треба да волимо и поштујемо.
Постоји нота једноставне искрености кад Њутн каже да “ морамо веровати да постоји један Бог или свевишњи Монарх да бисмо га се могли бојати и покоравати му се, поштовати Његове законе и одавати му почаст и славу.
Морамо веровати да је Он отац од кога су све ствари потекле, и да Он воли своје људе као своју децу тако да и они заузврат могу волети Њега и покоравати му се као свом Оцу. ”