b) Rekonstrukcija na osnovu fosila. Primer: nastanak vodozemaca
Ali slavuji su i dalje slavuji, neko će reći. To je svakako tačno; ali ista vrsta promena koja vodi podeli jedne vrste slavuja na dve vrste, neizostavno vodi i u dalje promene koje postaju sve veće i veće kako vreme prolazi. Mi to, međutim, ne možemo lako da pratimo, pošto proces traje previše dugo.
Prateći takozvani “genetski časovnik”, naučnici koji izučavaju zelene slavuje utvrdili su da je širenje vrste počelo pre otprilike deset hiljada godina. Drugim rečima, da bi se stiglo od jedne vrste slavuja do današnje “skoro dve”, trebalo je da prođe deset milenijuma! Za veće promene, treba još više vremena. Ako slavuji ne izumru, mutacije će ih polako ali neminovno, pre ili kasnije, pretvoriti u nešto potpuno drugačije od onoga što su danas...ali mi to ne možemo videti, pošto ne možemo da sedimo i posmatramo slavuje sledećih par miliona godina.
Za praćenje većih promena kroz duge vremenske periode, moramo se osloniti na fosile. Takozvani prelazni fosili nam pokazuju kako su vrste polako nastajale jedna iz druge, i kako su se osnovne karakteristike živih bića menjale kroz istoriju. Za primer možemo uzeti Palaeoniscoide o kojima smo već govorili. U prethodnom tekstu, objašnjeno je kako je Osteolepsis nastao od originalnih Palaeoniscoida...ali šta se desilo sa njim nakon toga?
Da se podsetimo: Osteolepsis i dalje ima peraja, ali sa skupom debelih kostiju u peraju koje će kasnije postati prsti, i primitivnim "laktom" u pregibu peraja. Osteolepsis je takođe imao primitivna pluća, razvijena najverovatnije iz veoma dobro prokrvljene kesice u okviru sistema za varenje. Iz grupe vrsta veoma sličnih Osteolepsisu je pocela linija koja je dovela do vrste Eusthenopteron.
Eusthenopteron i dalje ima samo peraja, ali je raspored kostiju u perajima i raspored mišića prilagođen odgurivanju niz mulj više nego plivanju. Zadnja peraja imaju primitivna kolena, lakat u prednjim perajima je potpuno razvijen. Takođe, Eusthenopteron poseduje nozdrve, koje pokazuju da je organizam često udisao vazduh van vode.
Panderichtys je sledeći korak, ključni u prelazu ka vodozemcima. Najveći deo tela ove “ribe” je potpuno analogan ranim vodozemcima – građa lobanje je identična, kost za kost. Kosti prednjih i zadnjih peraja postaju analogne kostima koje poseduju svi kopneni kičmenjaci: humerus, ulna i radius u prednjim udovima, i femur, tibija i fibula u zadnjim udovima. Osim ova dva para peraja koja odgovaraju udovima četvoronožaca, preostala peraja (leđna i analna) zakržljavaju. Kod ove vrste se prvi put pojavljuje čoana, prolaz koji povezuje nos sa ustima i omogućava disanje kroz nozdrve.
Primer daljeg razvoja je Acanthostega, i dalje ribljeg tela, ali sa izduženim (mada nesavitljivim) nogama. Acanthostega je imala i pluća i škrge istovremeno, kosti lobanje istovetne vodozemačkim (ali još uvek ribljeg oblika), ribljom vezom između lobanje i kičme, vodozemačkim zubima, ribljom lateralnom linijom...nemoguće je reći da li se radi o ribi ili o vodozemcu.
Ovde dolazimo do Ichthyostege. Ichthyostega pokazuje jednu veoma značajnu vezu: oblik lobanje i njena unutrašnja podela su identični Eusthenopteronu, i imaju seriju karakteristika koje su jedinstvene među svim kičmenjacima.
Ichthyostega već sasvim jasno imaja stopala, mada se ona i dalje završavaju izraslinama koje su slične perajima, i nemaju članak na nozi. Rep je dugačak i mišićav, tipičan za amfibijske životinje, ali i dalje ima repno peraje iznad i ispod celom duzinom. Laktovi i ramena su prilagođeni ne samo odgurivanju, vec i izdignutom hodanju iznad čvrste povrsine. Veoma važna činjenica je da je Ichthyostega i dalje vodena životinja, sa jasno definisanim škrgama, i da je mogla da preživi van vode samo ograničeno vreme (inače bi se škrge osušile).
U ovom periodu nailazimo na nešto što je dugo predstavljalo problem za rekonstrukciju evolucije vodozemaca. To je takozvani “Romerov prekid” – period iz koga nismo imali nikakve fosile. Ovo se promenilo nedavno, kada je u Julu 2004 objavljen nalaz fosila iz ovog perioda. Nazvan Pederpes finnae, fosil pokazuje sledeći korak u prelazu.
Acanthostega i Ichthyostega su imali prste kojima su mogli da se odupru o čvrsto zemljište, ali Pederpes je prva vrsta za koju znamo da je posedovala razvijen članak, sa stopalom usmerenim unapred umesto prosto raširenim paralelno sa telom. Po obliku tela je bio veoma sličan Acanthostegi, ali imao je dovoljno snažne udove za hodanje po čvrstom tlu, i veoma primitivno čulo sluha.
Poslednja karika u ovom delu lanca su kasniji Labyrinthodonti (više stotina vrsta; Pholidogaster i Pteroplaks su dobri primeri). Oni i dalje pokazuju osobine slične Ichtyostegi i Acanthostegi: tipični raspored kostiju lobanje, lobanja je povezana sa kičmom kao kod riba, zubi su i dalje riblji. Udovi su, međutim, potpuno razvijeni, sada bez tragova peraja, više nema peraja ni na repu, a nosne šupljine su takođe potpuno razvijene. Čulo sluha je još uvek primitivno ali daleko razvijenije nego kod Pederpesa. Plućno disanje je potpuno prevagnulo, i škrge su skoro sasvim nestale: Labyrinthodonti više nisu mogli da žive pod vodom, bez disanja spoljnog vazduha.
Iz Labyrinthodonta je krenulo grananje koje je sa jedne strane (preko amniota) odvelo do gmizavaca, a sa druge strane kroz niz grananja moderne grupe amfibijskih organizama.